Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004179`

染色体: Chr01 坐标: 60228753-60237672 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004179`
名称	SmilChr01G004179
描述	ABC transporter C family member 5-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	60228753 - 60237672 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130999995`
GeneID	`130999995`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130999995`
原始查询	`SmilChr01G004179`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ABC transporter C family member 5-like
产物	ABC transporter C family member 5-like
Arabidopsis	`AT1G04120` (ABCC5) multidrug resistance-associated protein 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839277] identity=76.7; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0142800` (OsABCC13) - identity=71.9; qcov=0.958; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000325 (plant-type vacuole); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005774 (vacuolar membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0055085 (transmembrane transport); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG	-
Pfam	PF00005 (ABC_tran); PF00664 (ABC_membrane)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130999995

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057781691.1`
2	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057781691.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.80000	`XP_057781691.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057781691.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057781691.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:60229148`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,C57
`Chr1:60230305`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,B55,C8
`Chr1:60230439`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B117,B122,B86,C5,C73
`Chr1:60231843`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	170	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A5,A6,A7,A9,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B109,B11,B110,B112,B113,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B125,B126,B127,B128,B129,B132,B137,B138,B139,B140,B15,B16,B18,B19,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B30,B31,B32,B33,B34,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B51,B53,B55,B56,B59,B6,B60,B64,B66,B67,B69,B70,B74,B76,B78,B8,B80,B81,B82,B85,B87,B89,B9,B94,B95,B96,B97,B99,C11,C12,C14,C16,C17,C18,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C32,C34,C35,C36,C37,C39,C41,C43,C45,C49,C50,C52,C53,C55,C56,C58,C6,C62,C63,C65,C66,C67,C68,C7,C71,C73,C74,C75,C76,C78,C8,C80,C81,C82,C85,C86,D1,D10,D11,D2,D4,D5,D6,D9
`Chr1:60232217`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C51,C67,D11
`Chr1:60232256`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C44
`Chr1:60232256`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C44
`Chr1:60232289`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C25
`Chr1:60232969`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,B17,B22,C20
`Chr1:60232972`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B17,B22,C20
`Chr1:60232984`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B17,B22,C20
`Chr1:60232988`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781691.1

1533 aa

766

1533

ABC_membrane

ABC_tran

ABC_membrane

ABC_tran

PF00664 ABC_membrane 331-596 aa PF00005 ABC_tran 660-794 aa PF00664 ABC_membrane 970-1212 aa PF00005 ABC_tran 1304-1452 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057781691.1`	Pfam	`PF00664`	ABC_membrane	Family	331	596	7.9e-63	213.4	ABC transporter transmembrane region
`XP_057781691.1`	Pfam	`PF00005`	ABC_tran	Domain	660	794	7.5e-49	166.6	ABC transporter
`XP_057781691.1`	Pfam	`PF00664`	ABC_membrane	Family	970	1212	7.9e-63	213.4	ABC transporter transmembrane region
`XP_057781691.1`	Pfam	`PF00005`	ABC_tran	Domain	1304	1452	7.5e-49	166.6	ABC transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057925708.1
TGCGGCAATGTGAGTTGTTTGTTTTCTCTGATCAACAATTATCAAACCCCATTTCAGAAATTCCACTGCTATCAGCACTAATAGCTGTGGATTTGTGGGGTTGTTTTCTCTCTCATCTTATACTCATTCTCTCTCACCTTCATGATCCATAGCTCGGACTGCTTTTTTTTGTATTTGCTCAACAATTTGCCTTTGAACATAACACGATTTTTGCAGGAAGTAACACAGGCCCAGATTCCTGTGCTTTCTCTCTCCGCGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130999995
ATGGATATCAATCTTTTCTTGAATGCTGAATCCACTGCCCAAAACCATCTCCTCGGCTCCTTTCTCCGTATTCCTGTACTCGAATTAGCCTCAGTTTGCATCAACTTGACTCTGCTGCTCGTGTTTCTCTCTGTTGTTTCCGTGAGGCAGGTTGGGGTGTGTTTTGGTCGGGTTCGAGTGAGGAAAGATGACTCCAACAGGAATTCTGTGGACGTTAGTCACAGACTGATTGTTAATGGTGAGCAGATTCAGAGCTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057781691.1
MDINLFLNAESTAQNHLLGSFLRIPVLELASVCINLTLLLVFLSVVSVRQVGVCFGRVRVRKDDSNRNSVDVSHRLIVNGEQIQSFEISSSYKTSVCCCFYILFVQVLVLGFDGARMIKALAQGKGHETHWAYVLLPAVQSLSWFVLSFSLLYLKYKVVEKFPLLLRVWWIASFSISLSIIYVDSRGFVQRGSNYLNSHVLANCAVFPALAFLCFNAIRGVSGIEVRRNPDLQEPLLLEEEAGCLKVTPYSEAGLFSLAT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器