Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004190

染色体: Chr01 坐标: 60364982-60367666 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004190
名称SmilChr01G004190
描述glutaredoxin-C5, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向60364982 - 60367666 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000204
GeneID131000204
locus_tag-
NCBI NameLOC131000204
原始查询SmilChr01G004190

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutaredoxin-C5, chloroplastic
产物glutaredoxin-C5%2C chloroplastic
ArabidopsisAT4G28730 (GrxC5)
Glutaredoxin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828994]
identity=65.7; qcov=0.734; evalue=2.73e-44; confidence=medium
RiceOs08g0565800 (OsGRX21)
-
identity=77; qcov=0.517; evalue=1.47e-38; confidence=medium
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0015038 (glutathione disulfide oxidoreductase activity); GO:0034599 (cellular response to oxidative stress)
KEGG-
PfamPF00462 (Glutaredoxin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000204

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057781975.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057781983.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057781975.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057781975.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057781975.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:60365326 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C19,C52
Chr1:60365371 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B72
Chr1:60365615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B25,B79,C35,D6,D7
Chr1:60366823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,B60,B98,C48
Chr1:60367170 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,C22,C44
Chr1:60367182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B4,C36,D6
Chr1:60367213 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 8 A16,B118,B46,B6,B65,B80,C30,C37
Chr1:60367331 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B12,B49,B51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057781975.1
199 aa
N
1
100
199
Glutaredoxin
C
PF00462 Glutaredoxin 84-147 aa
XP_057781983.1
176 aa
N
1
88
176
Glutaredoxin
C
PF00462 Glutaredoxin 84-147 aa
XP_057781991.1
174 aa
N
1
87
174
Glutaredoxin
C
PF00462 Glutaredoxin 84-146 aa
XP_057782000.1
147 aa
N
1
74
147
Glutaredoxin
C
PF00462 Glutaredoxin 84-144 aa
XP_057782007.1
143 aa
N
1
72
143
Glutaredoxin
C
PF00462 Glutaredoxin 84-143 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057781975.1 Pfam PF00462 Glutaredoxin Domain 84 147 3.7e-16 59.8 Glutaredoxin
XP_057781983.1 Pfam PF00462 Glutaredoxin Domain 84 147 2.9e-16 60.1 Glutaredoxin
XP_057781991.1 Pfam PF00462 Glutaredoxin Domain 84 146 2.5e-14 53.9 Glutaredoxin
XP_057782000.1 Pfam PF00462 Glutaredoxin Domain 84 144 4.8e-14 53.0 Glutaredoxin
XP_057782007.1 Pfam PF00462 Glutaredoxin Domain 84 143 1.5e-13 51.5 Glutaredoxin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057925992.1
GAAGAGGTGAAGTGCAATTGAGTTGATTGAACTACACAACAAATGTGACACCTTCTGGCGACGAGCACGTCGAGATTTACCCTTTTTAGCCAGCTTCCGCAATAATTCTAAACCAAATTTTTTTGTCATAATCACTTGCAAAATTGAGAAGCCCAAAACGGAAAGCACACTATCATCGGTTGGCGAAACAGAGCTCAAAATTGATTCTTGAAAATGGCTTTAATGGCTGCCGGGCCATGGAATAGAGGAGGCTTGGAACA...
XM_057926000.1
GAAGAGGTGAAGTGCAATTGAGTTGATTGAACTACACAACAAATGTGACACCTTCTGGCGACGAGCACGTCGAGATTTACCCTTTTTAGCCAGCTTCCGCAATAATTCTAAACCAAATTTTTTTGTCATAATCACTTGCAAAATTGAGAAGCCCAAAACGGAAAGCACACTATCATCGGTTGGCGAAACAGAGCTCAAAATTGATTCTTGAAAATGGCTTTAATGGCTGCCGGGCCATGGAATAGAGGAGGCTTGGAACA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131000204
ATGGCTTTAATGGCTGCCGGGCCATGGAATAGAGGAGGCTTGGAACAAATTTGGATCTCCCCTCCTTCAATTTCTACAGGAATCGGTTCTATCTTTACCAATCACATATCATTTTGTGGCGCCGACAGCGTCGCCTTATTTTGCAGAAACGGGCCGAGAAAGAAGTGCCTTGCCGTGGTTCGGGCCATGTCTGCTACATTTGGGGCCCGAATGGAGGAAAGTGTGAAGAAGACTGTTAGCGAAAACCCCGTTGTTGTTTA...
LOC131000204
ATGGCTTTAATGGCTGCCGGGCCATGGAATAGAGGAGGCTTGGAACAAATTTGGATCTCCCCTCCTTCAATTTCTACAGGAATCGGTTCTATCTTTACCAATCACATATCATTTTGTGGCGCCGACAGCGTCGCCTTATTTTGCAGAAACGGGCCGAGAAAGAAGTGCCTTGCCGTGGTTCGGGCCATGTCTGCTACATTTGGGGCCCGAATGGAGGAAAGTGTGAAGAAGACTGTTAGCGAAAACCCCGTTGTTGTTTA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057781975.1
MALMAAGPWNRGGLEQIWISPPSISTGIGSIFTNHISFCGADSVALFCRNGPRKKCLAVVRAMSATFGARMEESVKKTVSENPVVVYSKTWCSYSSEVKSLFKRLGVEPLVIELDQLGPQGPQLQKTLLRLTGQHTVPNIFIGGKHIGGCTGTLLQTHVMMNEFYGKMGKITKLSIDLSDRIIWFSLIYTLKHQISSNQ
XP_057781983.1
MALMAAGPWNRGGLEQIWISPPSISTGIGSIFTNHISFCGADSVALFCRNGPRKKCLAVVRAMSATFGARMEESVKKTVSENPVVVYSKTWCSYSSEVKSLFKRLGVEPLVIELDQLGPQGPQLQKTLLRLTGQHTVPNIFIGGKHIGGCTDTIKMHRKGELQPLLSEAGAMKLKS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器