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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004194

染色体: Chr01 坐标: 60402362-60408120 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004194
名称SmilChr01G004194
描述uncharacterized SmilChr01G004194
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向60402362 - 60408120 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000289
GeneID131000289
locus_tag-
NCBI NameLOC131000289
原始查询SmilChr01G004194

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述methyl-coenzyme M reductase II subunit gamma, putative (DUF3741) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828997]; symbol=TRM20; hit=AT4G28760; species=arabidopsis; confidence=high
产物methyl-coenzyme M reductase II subunit gamma, putative (DUF3741) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828997]; symbol=TRM20; hit=AT4G28760; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT4G28760 (TRM20)
methyl-coenzyme M reductase II subunit gamma, putative (DUF3741) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828997]
identity=46.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0506900
-
identity=37; qcov=1.04; evalue=4.05e-145; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF12552 (DUF3741); PF14309 (DUF4378); PF14383 (VARLMGL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000289

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057782110.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057782110.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782110.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782110.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782110.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:60403851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr1:60404346 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B55
Chr1:60404504 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B37,C39
Chr1:60404676 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,B66,C60
Chr1:60404819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr1:60404877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr1:60405107 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B75
Chr1:60405247 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr1:60405353 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr1:60405384 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:60405622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr1:60405845 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C35,D6,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782110.1
954 aa
N
1
477
954
VARLMGL
DUF3741
DUF4378
C
PF14383 VARLMGL 109-125 aa PF12552 DUF3741 176-244 aa PF14309 DUF4378 777-945 aa
XP_057782119.1
954 aa
N
1
477
954
VARLMGL
DUF3741
DUF4378
C
PF14383 VARLMGL 109-125 aa PF12552 DUF3741 176-244 aa PF14309 DUF4378 777-945 aa
XP_057782125.1
954 aa
N
1
477
954
VARLMGL
DUF3741
DUF4378
C
PF14383 VARLMGL 109-125 aa PF12552 DUF3741 176-244 aa PF14309 DUF4378 777-945 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782110.1 Pfam PF14383 VARLMGL Domain 109 125 1.8e-07 31.2 DUF761-associated sequence motif
XP_057782110.1 Pfam PF12552 DUF3741 Domain 176 244 2.1e-28 99.1 Protein of unknown function (DUF3741)
XP_057782110.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 777 945 7.2e-33 115.0 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057782119.1 Pfam PF14383 VARLMGL Domain 109 125 1.8e-07 31.2 DUF761-associated sequence motif
XP_057782119.1 Pfam PF12552 DUF3741 Domain 176 244 2.1e-28 99.1 Protein of unknown function (DUF3741)
XP_057782119.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 777 945 7.2e-33 115.0 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain
XP_057782125.1 Pfam PF14383 VARLMGL Domain 109 125 1.8e-07 31.2 DUF761-associated sequence motif
XP_057782125.1 Pfam PF12552 DUF3741 Domain 176 244 2.1e-28 99.1 Protein of unknown function (DUF3741)
XP_057782125.1 Pfam PF14309 DUF4378 Domain 777 945 7.2e-33 115.0 LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926142.1
TGGTTTTCATTCTGTTTACGGTTTCCATTTTCTCTAAATTCCGATTTAGTTACGTAATCGAAACTGATATAAAAATCACAATAAACAAAAGCGGGTCGAGTCCGACACGGAGTCGGTGGAGCAGGAAAAAGCAAACCTCACTGCAGAGAAACAAACAAAACCCTCTTTATCTCTCTCTCTCCCCTTCTCCCTGTCTCCGGCGACTATCCGGCCACATTTTACCGTTATGTAAGATTCCGGCGATTCCACCGCTTTCTTCC...
XM_057926127.1
TACGGTTTCCATTTTCTCTAAATTCCGATTTAGTTACGTAATCGAAACTGATATAAAAATCACAATAAACAAAAGCGGGTCGAGTCCGACACGGAGTCGGTGGAGCAGGAAAAAGCAAACCTCACTGCAGAGAAACAAACAAAACCCTCTTTATCTCTCTCTCTCCCCTTCTCCCTGTCTCCGGCGACTATCCGGCCACATTTTACCGTTATGTAAGATTCCGGCGATTCCACCGCTTTCTTCCACCTTGACGCGTATTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131000289
ATGAATGGTACTTCAAACAATCACAAAAGTCGCAACTTTGAAAAGACATATCCAGGATGCTTGGGAAGAATGGTAAACCTGTTCGAGTTGAACATTGGGATATCTGCAGACAGGCTTCTCACTGATAAACCGCACCGAGATGGTTCGCCTGTCTCAAGGAGCAGATCAGATGTATCAAGTATGGGCCCTTCCCTTGATCAAATTGAAGAAAAAGTGATTGTATCTGAATATCCAGATACATTTTCAAACAAAAGAACAAA...
LOC131000289
ATGAATGGTACTTCAAACAATCACAAAAGTCGCAACTTTGAAAAGACATATCCAGGATGCTTGGGAAGAATGGTAAACCTGTTCGAGTTGAACATTGGGATATCTGCAGACAGGCTTCTCACTGATAAACCGCACCGAGATGGTTCGCCTGTCTCAAGGAGCAGATCAGATGTATCAAGTATGGGCCCTTCCCTTGATCAAATTGAAGAAAAAGTGATTGTATCTGAATATCCAGATACATTTTCAAACAAAAGAACAAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057782110.1
MNGTSNNHKSRNFEKTYPGCLGRMVNLFELNIGISADRLLTDKPHRDGSPVSRSRSDVSSMGPSLDQIEEKVIVSEYPDTFSNKRTNVTPVKMLIAQEMCKEVDSRRSPPNLVAKLMGLDSLPQQEPGSATQRNHSKGHPRRHSEIPMSNWEQQNGFFHYVEPDEFKDVYEIWQQSKKPTRKGRYDETTKDRKMAFVRQKFVEAKRLSMDEKLRQSKQFQDALEVLNSNKDLFLKCLQEPNSAFSQQLYNLQSIPPPPET...
XP_057782119.1
MNGTSNNHKSRNFEKTYPGCLGRMVNLFELNIGISADRLLTDKPHRDGSPVSRSRSDVSSMGPSLDQIEEKVIVSEYPDTFSNKRTNVTPVKMLIAQEMCKEVDSRRSPPNLVAKLMGLDSLPQQEPGSATQRNHSKGHPRRHSEIPMSNWEQQNGFFHYVEPDEFKDVYEIWQQSKKPTRKGRYDETTKDRKMAFVRQKFVEAKRLSMDEKLRQSKQFQDALEVLNSNKDLFLKCLQEPNSAFSQQLYNLQSIPPPPET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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