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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004205

染色体: Chr01 坐标: 60497417-60501282 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004205
名称SmilChr01G004205
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向60497417 - 60501282 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000386
GeneID131000386
locus_tag-
NCBI NameLOC131000386
原始查询SmilChr01G004205

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI2
产物LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI2
ArabidopsisAT5G48940 (AT5G48940)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834952]
identity=65; qcov=0.96; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0132500 (CTB4a)
-
identity=57.4; qcov=0.937; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000386

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057782243.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782243.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782243.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782243.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782243.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:60497682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:60497745 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B4,B55,C36,C50,D6
Chr1:60497831 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:60497881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr1:60498205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C59
Chr1:60498518 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:60498535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B90,B92
Chr1:60498598 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C62
Chr1:60498616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B4,C36,C50,D6
Chr1:60498618 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B24,B44,B89,D8
Chr1:60498746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:60498918 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,A4,B52,B62,C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782243.1
1132 aa
N
1
566
1132
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 38-79 aa PF00560 LRR_1 131-153 aa PF00560 LRR_1 156-177 aa PF00560 LRR_1 324-346 aa PF00560 LRR_1 348-368 aa PF00560 LRR_1 420-442 aa PF13855 LRR_8 421-479 aa PF23598 LRR_14 485-597 aa PF00560 LRR_1 492-514 aa PF13855 LRR_8 492-551 aa PF00560 LRR_1 518-538 aa PF00560 LRR_1 540-562 aa PF00560 LRR_1 564-586 aa PF00560 LRR_1 588-607 aa PF00069 Pkinase 789-1057 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 790-1059 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782243.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 38 79 2.5e-07 31.6 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057782243.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 131 153 3e-56 175.9 Leucine Rich Repeat
XP_057782243.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 156 177 3e-56 175.9 Leucine Rich Repeat
XP_057782243.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 324 346 3e-56 175.9 Leucine Rich Repeat
XP_057782243.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 348 368 3e-56 175.9 Leucine Rich Repeat
XP_057782243.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 420 442 3e-56 175.9 Leucine Rich Repeat
XP_057782243.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 421 479 3e-38 130.1 Leucine rich repeat
XP_057782243.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 485 597 2.7e-45 155.4 Leucine-rich repeat region
XP_057782243.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 492 514 3e-56 175.9 Leucine Rich Repeat
XP_057782243.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 492 551 3e-38 130.1 Leucine rich repeat
XP_057782243.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 518 538 3e-56 175.9 Leucine Rich Repeat
XP_057782243.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 540 562 3e-56 175.9 Leucine Rich Repeat
XP_057782243.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 564 586 3e-56 175.9 Leucine Rich Repeat
XP_057782243.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 588 607 3e-56 175.9 Leucine Rich Repeat
XP_057782243.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 789 1057 3.5e-41 142.1 Protein kinase domain
XP_057782243.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 790 1059 7.4e-43 147.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926260.1
GAGGTCGACTCCCTCATTTGATTTTCCATTTCTCAATAATAATAATTCCAACATCCACACTTTGTCAAATACTAGTAGAACTTTTTTTTCGTATTATTATTATTAGTATTATTTTGTTTGTCTGCGCTTTTCTTGCTTATCTGCAAAGCTAGATAGTGGTGCTTCTATTACCCCGAGAGAGGTGGATAGTGAGCTCAACACAGCAAACCGAGATAGTTTAGAGAGAGAGAGAGAGTTGGGGAGAGACCCAATGGAAGAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000386
ATGCCGATGCCGAGGCAATTCTTGAACGCCACCCCAAATCACCTCCACCGTTGCTATTTCTTCCTCTTCTTACTCAAGATTCTCGCACAACCTCAACATTCCGTCGCCGCCAACGCCGAAGTTTCTGTATTATTTTCTTGGATTAATTCTTCTTCTTCTTCACCACCACCTTTTGCATTCTCCAACTGGAACCCCTCACACCCTACTCCTTGTAAATGGTCCTACATTACGTGCTCCTCTCAAAATTTCGTCACTGAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782243.1
MPMPRQFLNATPNHLHRCYFFLFLLKILAQPQHSVAANAEVSVLFSWINSSSSSPPPFAFSNWNPSHPTPCKWSYITCSSQNFVTEINIQSIQLALPFPSKLSSLLFLQTLTISAANLTGTIPSDVGDCASLRKIDVSSNALVGNIPSTIGKLTLLEELTLNSNQLTGAIPPEIGGCMKLKNLTLFDNRLSGSIPAEIGMLSELEALRAGGNQDIDGEIPAEIGNCQNLQVLGLADTKISGGLPRTIGRLQKLQVLSLYT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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