Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004208

染色体: Chr01 坐标: 60524368-60527197 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004208
名称SmilChr01G004208
描述putative kinase-like protein TMKL1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向60524368 - 60527197 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131000422
GeneID131000422
locus_tag-
NCBI NameLOC131000422
原始查询SmilChr01G004208

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative kinase-like protein TMKL1
产物putative kinase-like protein TMKL1
ArabidopsisAT3G24660 (TMKL1)
transmembrane kinase-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822062]
identity=72.8; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0564700
-
identity=53.6; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131000422

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057782309.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057782309.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057782309.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057782309.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057782309.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:60524709 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B62,C22
Chr1:60524831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B17,B35,C78
Chr1:60524879 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr1:60524955 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B110,C46
Chr1:60524972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:60524984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr1:60525158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C77
Chr1:60525401 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B17,B35,C78
Chr1:60525443 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr1:60526559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B17,B35,C78
Chr1:60526580 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B17,B35,C78
Chr1:60527003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B55,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057782309.1
672 aa
N
1
336
672
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF00560 LRR_1 121-141 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF00560 LRR_1 222-243 aa PF00560 LRR_1 244-261 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 377-647 aa PF00069 Pkinase 383-645 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057782309.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 121 141 2.4e-16 57.0 Leucine Rich Repeat
XP_057782309.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 2.4e-16 57.0 Leucine Rich Repeat
XP_057782309.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 222 243 2.4e-16 57.0 Leucine Rich Repeat
XP_057782309.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 244 261 2.4e-16 57.0 Leucine Rich Repeat
XP_057782309.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 377 647 5.4e-25 88.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057782309.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 383 645 6.5e-22 78.9 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057926326.1
TTGTTTATAAACACCACCAACAAGCTTTTTCAAAATGGAACAATTTTAATAGCGGCAAGCAAACAGCAATCAACTCGAAAGCCTCCTGTTTGATTCACTAGCAGTCAACACACTGTCAGCTTTCCCCAAAAGAAAAACCTCAAACAAGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTTCAAAATCTATTTTCTTATTATGCTCTGTTTCTTTTGCTTTTGAGCACCCTTTCCCCCTTGAGCCTCACTCATGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131000422
ATGGCGGCTCCGAACCTCCTCCCTCTCCTCTCCCTCCTCTCTCTCTGCATTCCTCTCCTTCTCTCTCCAACCCACTCCGCCTCAGACGTGGAGCTGCTGCTGCAGAAGATCAAGCCTTCACTTGAAGGAACCGCAGAGAACTTGCTGCTGCTGACATGGAACACCACCGTTCCACTCTGTCAATGGAGAGGCTTGAAATGGGCATTCACCAATGGCTCTGCTCTCCTCTGCACCGACCTCTCCTCGCCTCAGTGGACCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057782309.1
MAAPNLLPLLSLLSLCIPLLLSPTHSASDVELLLQKIKPSLEGTAENLLLLTWNTTVPLCQWRGLKWAFTNGSALLCTDLSSPQWTSISLHKDPLLQLISLQLPSANLSGTLPREIGQLTNLRSLYLSTNALSGPIPLELGYSTSLSDLDLSHNLLKGSLPASIWNLCDRLVSLRLHGNALSGSLPDPALPDATCKNLQFLDFGQNVLSGTFPEFILEFHALKQLDLGDNTFSGPIPEGLTGLNLEKLNLSHNNFTGVLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器