当前解析结果
SmilChr01G004267| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004267 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004267 |
| 描述 | putative germin-like protein 2-1 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 60920153 - 60921247 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131000819 |
|---|---|
| GeneID | 131000819 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131000819 |
| 原始查询 | SmilChr01G004267 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative germin-like protein 2-1 |
| 产物 | putative germin-like protein 2-1 |
| Arabidopsis | AT5G39190 (GER2)germin-like protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833914] identity=62.4; qcov=1.01; evalue=3.64e-88; confidence=high |
| Rice | Os02g0491600 (OsGLP2-1)- identity=66.5; qcov=0.995; evalue=2.57e-101; confidence=high |
| GO | GO:0005618 (cell wall); GO:0030145 (manganese ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00190 (Cupin_1); PF07883 (Cupin_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131000819 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057782897.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057782897.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057782897.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057782897.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057782897.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:60920839 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B2,C48 |
Chr1:60920884 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C11,C31 |
Chr1:60920896 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A2,B26,B27,C74 |
Chr1:60921046 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B42 |
Chr1:60921071 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B109 |
Chr1:60921106 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B109 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057782897.1PF00190
Cupin_1 61-209 aa
PF07883
Cupin_2 104-169 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057782897.1 |
Pfam | PF00190 |
Cupin_1 | Domain | 61 | 209 | 5.2e-55 | 185.9 | Cupin |
XP_057782897.1 |
Pfam | PF07883 |
Cupin_2 | Domain | 104 | 169 | 2.1e-09 | 37.7 | Cupin domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。