Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004281`

染色体: Chr01 坐标: 61029608-61030504 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004281`
名称	SmilChr01G004281
描述	uncharacterized SmilChr01G004281
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	61029608 - 61030504 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011125`
GeneID	`131011125`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011125`
原始查询	`SmilChr01G004281`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=26.5; qcov=1.15; evalue=4.9e-21; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=28; qcov=1.1; evalue=9.86e-23; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011125

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057794890.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057794890.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794890.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794890.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057794890.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:61029647`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,B36
`Chr1:61029696`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr1:61029922`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C22,C72
`Chr1:61029995`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr1:61030007`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr1:61030161`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr1:61030180`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C18,C4
`Chr1:61030183`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr1:61030186`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr1:61030201`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B97,C63
`Chr1:61030207`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B2,B80
`Chr1:61030225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B17,B4,C36,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938907.1
ATGCCTAACTCTACTGCTTGTGCGGAGTTCTGTGATTTCATTGAAGCCACCGGTTTCATTGAGGCGCCTACGGTTGGTCTGCATTACACGTGGTCTGGTCGTAGATTTATGCCTACACATGTGGAGTCTCGTCTGGATAGAGCCATTTATGCTGACTCTTTTGCAAATCTCTGGAGTTCGGTTTTTGTTCAAGCTCTTCCACGTATTACCTCGGATCATTCTCCGCTTATTCTTCATTGCATGGTGGATGCTCCTCCTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011125
ATGCCTAACTCTACTGCTTGTGCGGAGTTCTGTGATTTCATTGAAGCCACCGGTTTCATTGAGGCGCCTACGGTTGGTCTGCATTACACGTGGTCTGGTCGTAGATTTATGCCTACACATGTGGAGTCTCGTCTGGATAGAGCCATTTATGCTGACTCTTTTGCAAATCTCTGGAGTTCGGTTTTTGTTCAAGCTCTTCCACGTATTACCTCGGATCATTCTCCGCTTATTCTTCATTGCATGGTGGATGCTCCTCCTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794890.1
MPNSTACAEFCDFIEATGFIEAPTVGLHYTWSGRRFMPTHVESRLDRAIYADSFANLWSSVFVQALPRITSDHSPLILHCMVDAPPRHRFFKFLNMWTLHPDFLHTVERSWQMDTEIELLEIQDQIAREGYTEDLFNKEEEAQAKINVVLSRQSSLLQQKSRVSWLQDGDRNTKFFHAMLRFRRKPHIVSHMEINGDMNYDQKVIGDHIVDFFSSLFSTSSHTNTDITTVEAVIEEMVEDRYNNLLIRLPDEEEISAMVF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器