Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004286

染色体: Chr01 坐标: 61077363-61166893 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004286
名称SmilChr01G004286
描述outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61077363 - 61166893 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001121
GeneID131001121
locus_tag-
NCBI NameLOC131001121
原始查询SmilChr01G004286

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述outer envelope pore protein 16-3, chloroplastic/mitochondrial
产物outer envelope pore protein 16-3%2C chloroplastic/mitochondrial
ArabidopsisAT2G42210 (OEP16-3)
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim17/Tim22/Tim23 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818821]
identity=59.1; qcov=0.969; evalue=5.59e-63; confidence=high
RiceOs02g0717300
-
identity=64.1; qcov=0.912; evalue=6.12e-58; confidence=high
GOGO:0008320 (transmembrane protein transporter activity); GO:0030943 (mitochondrion targeting sequence binding); GO:0042721 (TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex); GO:0045039 (protein insertion into mitochondrial inner membrane)
KEGG-
PfamPF02466 (Tim17)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001121

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057783353.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057783353.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783353.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783353.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783353.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783353.1
159 aa
N
1
80
159
Tim17
C
PF02466 Tim17 17-128 aa
XP_057783361.1
159 aa
N
1
80
159
Tim17
C
PF02466 Tim17 17-128 aa
XP_057783369.1
159 aa
N
1
80
159
Tim17
C
PF02466 Tim17 17-128 aa
XP_057783378.1
159 aa
N
1
80
159
Tim17
C
PF02466 Tim17 17-128 aa
XP_057783388.1
159 aa
N
1
80
159
Tim17
C
PF02466 Tim17 17-128 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783353.1 Pfam PF02466 Tim17 Family 17 128 7.6e-18 65.6 Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family
XP_057783361.1 Pfam PF02466 Tim17 Family 17 128 7.6e-18 65.6 Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family
XP_057783369.1 Pfam PF02466 Tim17 Family 17 128 7.6e-18 65.6 Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family
XP_057783378.1 Pfam PF02466 Tim17 Family 17 128 7.6e-18 65.6 Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family
XP_057783388.1 Pfam PF02466 Tim17 Family 17 128 7.6e-18 65.6 Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927395.1
CTCGCCCGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCGACAGATCTAAACTTCGCATTTTCATCAGGCTTTTGCTGTTAATCAAAAGAAAGCTAAAATGGATGTTGAGGAGCTTAAGAAGATGGAAGATGAAGAATCTTCTATCATGAAAACGATGAAAGGGGCAACCACCGGATTTGTTGCTGGCACCTTTTGGGGTATGGTTGTTGCTACTTGGCATGATGTGCCTCGTGTTGAGAGGAGTATCGCACTTCCTGGTTTGATCCGG...
XM_057927370.1
CGATTAAGCCCAATAAGGCCCACACATGCTGTCAATTTTCACATCGACTTCATTTTCATCTACACTCTCCAGTCTCCCCCGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCCGACAGATCTAAACTTCGCATTTTCATCAGGCTTTTGCTGTTAATCAAAAGAAAGCTAAAATGGATGTTGAGGAGCTTAAGAAGATGGAAGATGAAGAATCTTCTATCATGAAAACGATGAAAGGGGCAACCACCGGATTTGTTGCTGGCACCTTTTGGG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131001121
ATGGATGTTGAGGAGCTTAAGAAGATGGAAGATGAAGAATCTTCTATCATGAAAACGATGAAAGGGGCAACCACCGGATTTGTTGCTGGCACCTTTTGGGGTATGGTTGTTGCTACTTGGCATGATGTGCCTCGTGTTGAGAGGAGTATCGCACTTCCTGGTTTGATCCGGACACTGAAGATGATGGGTAACCATGGAGCGACATTTGCTGCTATAGGTGGAATCTACATGGGGGTAGAGCAGTTAACACAGAAGCAGCG...
LOC131001121
ATGGATGTTGAGGAGCTTAAGAAGATGGAAGATGAAGAATCTTCTATCATGAAAACGATGAAAGGGGCAACCACCGGATTTGTTGCTGGCACCTTTTGGGGTATGGTTGTTGCTACTTGGCATGATGTGCCTCGTGTTGAGAGGAGTATCGCACTTCCTGGTTTGATCCGGACACTGAAGATGATGGGTAACCATGGAGCGACATTTGCTGCTATAGGTGGAATCTACATGGGGGTAGAGCAGTTAACACAGAAGCAGCG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057783353.1
MDVEELKKMEDEESSIMKTMKGATTGFVAGTFWGMVVATWHDVPRVERSIALPGLIRTLKMMGNHGATFAAIGGIYMGVEQLTQKQRMKRDYINGAVGGFVAGATVFGFKGRSVSSAMSAGGAFAATSAILEVLGIEKRDTGKVNYVYTREKRPNPNVN
XP_057783361.1
MDVEELKKMEDEESSIMKTMKGATTGFVAGTFWGMVVATWHDVPRVERSIALPGLIRTLKMMGNHGATFAAIGGIYMGVEQLTQKQRMKRDYINGAVGGFVAGATVFGFKGRSVSSAMSAGGAFAATSAILEVLGIEKRDTGKVNYVYTREKRPNPNVN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器