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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004288

染色体: Chr01 坐标: 61086902-61090260 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004288
名称SmilChr01G004288
描述mitochondrial carnitine/acylcarnitine carrier-like protein
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61086902 - 61090260 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001104
GeneID131001104
locus_tag-
NCBI NameLOC131001104
原始查询SmilChr01G004288

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial carnitine/acylcarnitine carrier-like protein
产物mitochondrial carnitine/acylcarnitine carrier-like protein
ArabidopsisAT5G46800 (BOU)
Mitochondrial substrate carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834724]
identity=79; qcov=1; evalue=1.83e-180; confidence=high
RiceOs10g0573800
-
identity=75.5; qcov=1.01; evalue=2.25e-158; confidence=high
GOGO:0000064 (L-ornithine transmembrane transporter activity); GO:1990575 (mitochondrial L-ornithine transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00153 (Mito_carr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001104

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057783310.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057783310.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057783310.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783310.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783310.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:61087155 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B84,C54
Chr1:61087356 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B54
Chr1:61087356 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B54
Chr1:61087428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr1:61087445 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B87
Chr1:61087460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,C50
Chr1:61087555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr1:61087561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr1:61087572 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr1:61087998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr1:61088155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783310.1
310 aa
N
1
155
310
Mito_carr
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 4-95 aa PF00153 Mito_carr 102-213 aa PF00153 Mito_carr 226-308 aa
XP_057783319.1
310 aa
N
1
155
310
Mito_carr
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 4-95 aa PF00153 Mito_carr 102-213 aa PF00153 Mito_carr 226-308 aa
XP_057783327.1
310 aa
N
1
155
310
Mito_carr
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 4-95 aa PF00153 Mito_carr 102-213 aa PF00153 Mito_carr 226-308 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783310.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 4 95 1.1e-67 224.5 Mitochondrial carrier protein
XP_057783310.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 102 213 1.1e-67 224.5 Mitochondrial carrier protein
XP_057783310.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 226 308 1.1e-67 224.5 Mitochondrial carrier protein
XP_057783319.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 4 95 1.1e-67 224.5 Mitochondrial carrier protein
XP_057783319.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 102 213 1.1e-67 224.5 Mitochondrial carrier protein
XP_057783319.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 226 308 1.1e-67 224.5 Mitochondrial carrier protein
XP_057783327.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 4 95 1.1e-67 224.5 Mitochondrial carrier protein
XP_057783327.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 102 213 1.1e-67 224.5 Mitochondrial carrier protein
XP_057783327.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 226 308 1.1e-67 224.5 Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927327.1
AAACTTTATATATTTACCACGAACAATTGAGCTCTTGTTGTTTTCATGATTCCTCTCGCTATCTCTCTATCTTTTTCCGTATTGTCCTTTTTCTTTTCGTGTGTTTCTATCTCTACACTGTTATCATACACCTCAGTTTCAATGGCAACTGAAGAGCTCAGCAAATTTGCTTTTCCTTTTCTTTTTTCTTTTTATTTGGCTTATTTTCGGTACTATGCATTATTTGTGCTTGAAGCTTAGGATTTTCTAGTGCCTATTTG...
XM_057927344.1
TCCTCTCGCTATCTCTCTATCTTTTTCCGTATTGTCCTTTTTCTTTTCGTGTGTTTCTATCTCTACACTGTTATCATACACCTCAGTTTCAATGGCAACTGAAGAGCTCAGCAAATTTGCTTTTCCTTTTCTTTTTTCTTTTTATTTGGCTTATTTTCGGTACTATGCATTATTTGTGCTTGAAGCTTAGGATTTTCTAGTGCCTATTTGCTATAAGGATTGCTGCAACTTAAATTTATGATAAATCTCAAACAAAATAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131001104
ATGGGGGATGTAGCTAAAGATCTAACCGCTGGGACTGTGGGAGGAGCAGCACAGTTGATATGCGGGCATCCGTTTGACACCATTAAGGTCAAGCTCCAAAGTCAACCTGTTCCACTTCCTGGACAGGCTCCAAGATATTCCGGTGCCATAGATGCCGTGAAGCAAACATTAGCTGCCGAAGGTCCAAGGGGCTTGTACAAAGGCATGGGAGCCCCACTTGCTACTGTGGCAGCCTTTAATGCAGTGCTCTTCACTGTTCG...
LOC131001104
ATGGGGGATGTAGCTAAAGATCTAACCGCTGGGACTGTGGGAGGAGCAGCACAGTTGATATGCGGGCATCCGTTTGACACCATTAAGGTCAAGCTCCAAAGTCAACCTGTTCCACTTCCTGGACAGGCTCCAAGATATTCCGGTGCCATAGATGCCGTGAAGCAAACATTAGCTGCCGAAGGTCCAAGGGGCTTGTACAAAGGCATGGGAGCCCCACTTGCTACTGTGGCAGCCTTTAATGCAGTGCTCTTCACTGTTCG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057783310.1
MGDVAKDLTAGTVGGAAQLICGHPFDTIKVKLQSQPVPLPGQAPRYSGAIDAVKQTLAAEGPRGLYKGMGAPLATVAAFNAVLFTVRGQMEAFLRSSPGTPLTVGQQVVCGAGAGVAVSFLACPTELIKCRLQAQSSIATSGPAVPSGPGVPSVSAAAVAVKYGGPMDVARHVLRSEGGARGLFKGLLPTFAREIPGNAAMFGVYEGLKQYLAGGQDTSSLGRGSLILAGGLAGASFWGSVYPTDVVKSVLQVDDYKNPK...
XP_057783319.1
MGDVAKDLTAGTVGGAAQLICGHPFDTIKVKLQSQPVPLPGQAPRYSGAIDAVKQTLAAEGPRGLYKGMGAPLATVAAFNAVLFTVRGQMEAFLRSSPGTPLTVGQQVVCGAGAGVAVSFLACPTELIKCRLQAQSSIATSGPAVPSGPGVPSVSAAAVAVKYGGPMDVARHVLRSEGGARGLFKGLLPTFAREIPGNAAMFGVYEGLKQYLAGGQDTSSLGRGSLILAGGLAGASFWGSVYPTDVVKSVLQVDDYKNPK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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