当前解析结果
SmilChr01G004290| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004290 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004290 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G004290 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 61098664 - 61100306 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011134 |
|---|---|
| GeneID | 131011134 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011134 |
| 原始查询 | SmilChr01G004290 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os06g0523701- identity=36.6; qcov=0.426; evalue=2.38e-41; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF24964 (DUF7769) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011134 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057794901.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057794901.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.20000 | XP_057794901.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794901.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057794901.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:61098704 |
C |
CTA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 11 | A19,B1,B121,B122,B16,B48,B79,C23,C71,C84,C85 |
Chr1:61098740 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B111,B36,B6,B82,C28 |
Chr1:61098758 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A14,B50,B59,C33,C73 |
Chr1:61098777 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B120 |
Chr1:61098783 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 19 | A19,B114,B13,B135,B18,B29,B42,B43,B61,B72,B87,B94,C1,C12,C27,C29,C37,C47,C87 |
Chr1:61098793 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 12 | B13,B24,B27,B42,B6,B87,C22,C35,C42,C57,C63,D5 |
Chr1:61098804 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,C73 |
Chr1:61098806 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C54,C8 |
Chr1:61098809 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C37,D3 |
Chr1:61098824 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | A24,B34,C5 |
Chr1:61098824 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | A24,B34,C5 |
Chr1:61098847 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B28,B5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794901.1PF24964
DUF7769 7-61 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794901.1 |
Pfam | PF24964 |
DUF7769 | Domain | 7 | 61 | 2.8e-07 | 30.8 | Domain of unknown function (DUF7769) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。