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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004294

染色体: Chr01 坐标: 61138415-61143048 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004294
名称SmilChr01G004294
描述protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61138415 - 61143048 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001031
GeneID131001031
locus_tag-
NCBI NameLOC131001031
原始查询SmilChr01G004294

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 2
产物protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 2
ArabidopsisAT5G06820 (SRF2)
STRUBBELIG-receptor family 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830573]
identity=50.4; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0190500
-
identity=43.9; qcov=0.96; evalue=2.62e-169; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001031

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057783187.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783187.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783187.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783187.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783187.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:61139042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr1:61139642 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B122,B123,B131,D6
Chr1:61139652 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D2
Chr1:61139652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr1:61139673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B51,C3
Chr1:61139685 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B29,C2
Chr1:61139685 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 B29,C2
Chr1:61139686 C CCG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B29,C2
Chr1:61139686 C CCG 2bp_insertion CDS_variant 2 B29,C2
Chr1:61139688 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A18,B121,B54,B63,C53,C61,D7
Chr1:61140502 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr1:61141084 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 10 B134,B67,B8,B89,B9,B90,B92,C18,C53,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783187.1
724 aa
N
1
362
724
LRRNT_2
LRR_6
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 28-66 aa PF13516 LRR_6 93-107 aa PF00560 LRR_1 94-113 aa PF13855 LRR_8 94-151 aa PF13855 LRR_8 115-174 aa PF00560 LRR_1 116-138 aa PF13516 LRR_6 138-152 aa PF00560 LRR_1 140-162 aa PF00560 LRR_1 164-185 aa PF00560 LRR_1 211-231 aa PF00069 Pkinase 412-683 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 414-685 aa
XP_057783194.1
721 aa
N
1
360
721
LRRNT_2
LRR_6
LRR_1
LRR_8
LRR_8
LRR_1
LRR_6
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 28-66 aa PF13516 LRR_6 93-107 aa PF00560 LRR_1 94-113 aa PF13855 LRR_8 94-151 aa PF13855 LRR_8 115-174 aa PF00560 LRR_1 116-138 aa PF13516 LRR_6 138-152 aa PF00560 LRR_1 140-162 aa PF00560 LRR_1 164-185 aa PF00560 LRR_1 211-231 aa PF00069 Pkinase 412-624 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 414-619 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783187.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 28 66 1.4e-07 32.4 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057783187.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 93 107 2.6e-05 24.7 Leucine Rich repeat
XP_057783187.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 94 113 2.4e-15 54.1 Leucine Rich Repeat
XP_057783187.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 94 151 7e-17 61.7 Leucine rich repeat
XP_057783187.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 115 174 7e-17 61.7 Leucine rich repeat
XP_057783187.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 116 138 2.4e-15 54.1 Leucine Rich Repeat
XP_057783187.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 138 152 2.6e-05 24.7 Leucine Rich repeat
XP_057783187.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 140 162 2.4e-15 54.1 Leucine Rich Repeat
XP_057783187.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 164 185 2.4e-15 54.1 Leucine Rich Repeat
XP_057783187.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 211 231 2.4e-15 54.1 Leucine Rich Repeat
XP_057783187.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 412 683 4e-32 112.4 Protein kinase domain
XP_057783187.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 414 685 8.5e-33 114.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057783194.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 28 66 1.3e-07 32.4 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057783194.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 93 107 2.5e-05 24.7 Leucine Rich repeat
XP_057783194.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 94 113 2.3e-15 54.1 Leucine Rich Repeat
XP_057783194.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 94 151 7e-17 61.7 Leucine rich repeat
XP_057783194.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 115 174 7e-17 61.7 Leucine rich repeat
XP_057783194.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 116 138 2.3e-15 54.1 Leucine Rich Repeat
XP_057783194.1 Pfam PF13516 LRR_6 Repeat 138 152 2.5e-05 24.7 Leucine Rich repeat
XP_057783194.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 140 162 2.3e-15 54.1 Leucine Rich Repeat
XP_057783194.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 164 185 2.3e-15 54.1 Leucine Rich Repeat
XP_057783194.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 211 231 2.3e-15 54.1 Leucine Rich Repeat
XP_057783194.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 412 624 9e-31 107.9 Protein kinase domain
XP_057783194.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 414 619 3.3e-30 106.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927204.1
AATCGAGTCGTCTCAATTTCACATTTCAGCTTCTTGTTGTATTCAATCACCATCAACCCTCTCTCTCTCTCTCTAGAGAATATCTTTTTGAAGGGAAATAAGCAAATATGGCCAAGAATATGTTCTTGCTGATTCTGGGTTTCTATTGGGCGATCATGGGACTTCAGTCTTGGGCAACCACTGATGTATCAGAGGTTCAAGCTCTTCAAAATTTGTACAGGTCACTTAACAAGCCGATGCAGCTGGAGCATTGGAAAGAA...
XM_057927211.1
AATCGAGTCGTCTCAATTTCACATTTCAGCTTCTTGTTGTATTCAATCACCATCAACCCTCTCTCTCTCTCTCTAGAGAATATCTTTTTGAAGGGAAATAAGCAAATATGGCCAAGAATATGTTCTTGCTGATTCTGGGTTTCTATTGGGCGATCATGGGACTTCAGTCTTGGGCAACCACTGATGTATCAGAGGTTCAAGCTCTTCAAAATTTGTACAGGTCACTTAACAAGCCGATGCAGCTGGAGCATTGGAAAGAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001031
ATGGCCAAGAATATGTTCTTGCTGATTCTGGGTTTCTATTGGGCGATCATGGGACTTCAGTCTTGGGCAACCACTGATGTATCAGAGGTTCAAGCTCTTCAAAATTTGTACAGGTCACTTAACAAGCCGATGCAGCTGGAGCATTGGAAAGAAGAGAGTGGAGACCCTTGTGCAGAACCCTGGACTGGAGTTCAATGCATCGGATCATCAATTATCGACCTTAAACTTCATGGGCTGGGGCTGACAGGAAGCATTGGATT...
LOC131001031
ATGGCCAAGAATATGTTCTTGCTGATTCTGGGTTTCTATTGGGCGATCATGGGACTTCAGTCTTGGGCAACCACTGATGTATCAGAGGTTCAAGCTCTTCAAAATTTGTACAGGTCACTTAACAAGCCGATGCAGCTGGAGCATTGGAAAGAAGAGAGTGGAGACCCTTGTGCAGAACCCTGGACTGGAGTTCAATGCATCGGATCATCAATTATCGACCTTAAACTTCATGGGCTGGGGCTGACAGGAAGCATTGGATT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057783187.1
MAKNMFLLILGFYWAIMGLQSWATTDVSEVQALQNLYRSLNKPMQLEHWKEESGDPCAEPWTGVQCIGSSIIDLKLHGLGLTGSIGFELSNLKSLKKLDLSSNDIEGSIPYSLPPNLTHLNFAENKFSQSFPYSIEKMKHLQHLNLSHNSLSGSLGNVFAGLESLEQMDLSFNSFTGDLPISVKSMSNLKSLFLQSNQFTGSVIFLASLTLIDLNIEDNHFSGVIPEHFQNITNLWFGGNEFVREANYPPWNFPTESMPK...
XP_057783194.1
MAKNMFLLILGFYWAIMGLQSWATTDVSEVQALQNLYRSLNKPMQLEHWKEESGDPCAEPWTGVQCIGSSIIDLKLHGLGLTGSIGFELSNLKSLKKLDLSSNDIEGSIPYSLPPNLTHLNFAENKFSQSFPYSIEKMKHLQHLNLSHNSLSGSLGNVFAGLESLEQMDLSFNSFTGDLPISVKSMSNLKSLFLQSNQFTGSVIFLASLTLIDLNIEDNHFSGVIPEHFQNITNLWFGGNEFVREANYPPWNFPTESMPK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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