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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004297

染色体: Chr01 坐标: 61157986-61163010 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004297
名称SmilChr01G004297
描述uncharacterized SmilChr01G004297
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61157986 - 61163010 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001047
GeneID131001047
locus_tag-
NCBI NameLOC131001047
原始查询SmilChr01G004297

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835661]; symbol=AT5G55670; hit=AT5G55670; species=arabidopsis; confidence=high
产物RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835661]; symbol=AT5G55670; hit=AT5G55670; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G55670 (AT5G55670)
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835661]
identity=53.9; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0490300
-
identity=47.3; qcov=0.716; evalue=1.16e-78; confidence=high
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005847 (mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex); GO:0110104 (mRNA alternative polyadenylation)
KEGGsmil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03250 (Viral life cycle - HIV-1 - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00076 (RRM_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001047

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783205.1
2 Nuclear speckle 核斑点 0.20000 XP_057783205.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057783205.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783205.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783205.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:61158705 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr1:61158835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr1:61158878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr1:61159058 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B126,C6
Chr1:61159316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B52,B8,C17
Chr1:61159802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B75,C1,C82,D11
Chr1:61160102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr1:61160130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr1:61160201 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,A8,B1,B25,B63
Chr1:61160203 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 73 A11,A14,A15,A18,A22,A23,A24,B109,B11,B110,B112,B114,B121,B122,B126,B129,B13,B131,B139,B19,B2,B24,B26,B29,B4,B44,B46,B48,B50,B51,B56,B58,B64,B71,B72,B74,B77,B87,B94,B96,C1,C10,C12,C14,C17,C18,C19,C2,C20,C24,C26,C32,C35,C37,C40,C41,C45,C50,C52,C59,C60,C68,C69,C7,C70,C74,C79,C85,D3,D4,D5,D7,D8
Chr1:61160224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:61160299 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783205.1
708 aa
N
1
354
708
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 242-311 aa
XP_057783215.1
708 aa
N
1
354
708
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 242-311 aa
XP_057783222.1
708 aa
N
1
354
708
RRM_1
C
PF00076 RRM_1 242-311 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783205.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 242 311 4.4e-14 52.8 RNA recognition motif
XP_057783215.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 242 311 4.4e-14 52.8 RNA recognition motif
XP_057783222.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 242 311 4.4e-14 52.8 RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927222.1
TTCACTATTGAGCCCAAGATATAAAATGCATCGGTCCAAATTCATGTTCAATTAAGCTCAATAAGGCCCACACGTGCTGTCAATTTTTGCATCGGCTTCATTTTTTCAGCTCCACTCTCTCCCTCTCTCTCCGACAGACCTAAATTCGCATTTTCATCAGACCCTGATTGTAACGCTAGGTTTAGAGTAGTGAGTCACGCGATGGATGAAAATGAAGTTGGAGGTGGAGGTGCTGGCTACGTTGGAGATCCGAGCGAGCA...
XM_057927239.1
TTCACTATTGAGCCCAAGATATAAAATGCATCGGTCCAAATTCATGTTCAATTAAGCTCAATAAGGCCCACACGTGCTGTCAATTTTTGCATCGGCTTCATTTTTTCAGCTCCACTCTCTCCCTCTCTCTCCGACAGACCTAAATTCGCATTTTCATCAGACCCTGATTGTAACGCTAGGTTTAGAGTAGTGAGTCACGCGATGGATGAAAATGAAGTTGGAGGTGGAGGTGCTGGCTACGTTGGAGATCCGAGCGAGCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131001047
ATGGATGAAAATGAAGTTGGAGGTGGAGGTGCTGGCTACGTTGGAGATCCGAGCGAGCAGTTCCACCGAAACGAGGCGATCTCCGCTGTGGCTGACGATGGTTTTCTTGGCGAGGAGGATGATGACTATGAGGATCTTTACAACGATGTCAATGTTGGTGAGAACTTCCTGCAGTCTCTGCGTAGGAATGAGGATAACCTAGCGCACAGGAACGAGGAAGTGCAAGACAACAAGCCAAACGTGGCCCAGCCTCCACCCCC...
LOC131001047
ATGGATGAAAATGAAGTTGGAGGTGGAGGTGCTGGCTACGTTGGAGATCCGAGCGAGCAGTTCCACCGAAACGAGGCGATCTCCGCTGTGGCTGACGATGGTTTTCTTGGCGAGGAGGATGATGACTATGAGGATCTTTACAACGATGTCAATGTTGGTGAGAACTTCCTGCAGTCTCTGCGTAGGAATGAGGATAACCTAGCGCACAGGAACGAGGAAGTGCAAGACAACAAGCCAAACGTGGCCCAGCCTCCACCCCC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057783205.1
MDENEVGGGGAGYVGDPSEQFHRNEAISAVADDGFLGEEDDDYEDLYNDVNVGENFLQSLRRNEDNLAHRNEEVQDNKPNVAQPPPPPQPQPQTMVEGGSVGLPDEGASSRIPGRVEGFQNVGFRGNTNPSDVGLGRGVGGLVTGGGGGFRVELGQSTNKIADLEERVVNNNIPNNQQMVHHQQSHAANIGTYDNARNVGNINGSGGNVYGADGLGGGPVVGGDGAVGGGSGGGGGGGGTILFVGDLHWWTTDGELEAEL...
XP_057783215.1
MDENEVGGGGAGYVGDPSEQFHRNEAISAVADDGFLGEEDDDYEDLYNDVNVGENFLQSLRRNEDNLAHRNEEVQDNKPNVAQPPPPPQPQPQTMVEGGSVGLPDEGASSRIPGRVEGFQNVGFRGNTNPSDVGLGRGVGGLVTGGGGGFRVELGQSTNKIADLEERVVNNNIPNNQQMVHHQQSHAANIGTYDNARNVGNINGSGGNVYGADGLGGGPVVGGDGAVGGGSGGGGGGGGTILFVGDLHWWTTDGELEAEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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