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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004312

染色体: Chr01 坐标: 61292347-61295172 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004312
名称SmilChr01G004312
描述protein POLYCHOME-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61292347 - 61295172 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001256
GeneID131001256
locus_tag-
NCBI NameLOC131001256
原始查询SmilChr01G004312

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein POLYCHOME-like
产物protein POLYCHOME-like
ArabidopsisAT2G42260 (UVI4)
uv-b-insensitive 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818827]
identity=46.1; qcov=1.03; evalue=1.52e-57; confidence=high
RiceOs04g0472700
-
identity=33.8; qcov=0.597; evalue=1.3e-10; confidence=low
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0051783 (regulation of nuclear division); GO:1904667 (negative regulation of ubiquitin protein ligase activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001256

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783580.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057783580.1
3 Nuclear body 核内小体 0.80000 XP_057783580.1
4 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057783580.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783580.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:61292834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:61292953 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B27,C47
Chr1:61292962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B140,C2,C32,C68
Chr1:61292977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr1:61293094 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C32,C68
Chr1:61293143 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:61294415 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 A11
Chr1:61294415 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr1:61294477 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B27,C47
Chr1:61294505 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927597.1
GCCCAAATTTCATTTGAAAAATTTGCCAGTTCACCTTCTCTCTCGCACACCAAATTTCCCCAAATCTCGTCTTCTTCTCTTTCTTCACTTCACAGACACACGCAGCTCGATGCCCAACTCCATTGCTGTGTAAACCTACTTCACTTCCACGATTGAAGTCGTCTCAAGAATTTCCATAGAACAGTAAGAATGCCGGAGGCAAGAGACAGATTACCAAGGGAGGACGACGTTATGGCCTCATACAGCAACCGGAGGCGGAT...
XM_057927603.1
AAAATTTGCCAGTTCACCTTCTCTCTCGCACACCAAATTTCCCCAAATCTCGTCTTCTTCTCTTTCTTCACTTCACAGACACACGCAGCTCGATGCCCAACTCCATTGCTGTGTAAACCTACTTCACTTCCACGATTGAAGTCGTCTCAAGAATTTCCATAGAACAAATGCCGGAGGCAAGAGACAGATTACCAAGGGAGGACGACGTTATGGCCTCATACAGCAACCGGAGGCGGATCATTGGCGGTGGCAACAGAAAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001256
ATGCCGGAGGCAAGAGACAGATTACCAAGGGAGGACGACGTTATGGCCTCATACAGCAACCGGAGGCGGATCATTGGCGGTGGCAACAGAAATTCGGATGTCTTCATCCTAGAGGAGGAGGCTGAGGATCAAGCTACTGGAACTCCCTTCCGGTGGAGAGGTGCTTCAATGGTGGGTACGCCTGCATCAATGGGGGTTGCTCGTCGAAGGGGTGGCTTTGGAAGTCCAAGATTTGGGCGTTCCCCAAACTTTGGGAGATC...
LOC131001256
ATGCCGGAGGCAAGAGACAGATTACCAAGGGAGGACGACGTTATGGCCTCATACAGCAACCGGAGGCGGATCATTGGCGGTGGCAACAGAAATTCGGATGTCTTCATCCTAGAGGAGGAGGCTGAGGATCAAGCTACTGGAACTCCCTTCCGGTGGAGAGGTGCTTCAATGGTGGGTACGCCTGCATCAATGGGGGTTGCTCGTCGAAGGGGTGGCTTTGGAAGTCCAAGATTTGGGCGTTCCCCAAACTTTGGGAGATC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057783580.1
MPEARDRLPREDDVMASYSNRRRIIGGGNRNSDVFILEEEAEDQATGTPFRWRGASMVGTPASMGVARRRGGFGSPRFGRSPNFGRSSSLVMGRENMSPVVGRGRGRGGLRGRGSILLPAWYPRKPLRDITAVVRAIERRRARREEGEGLETESPLLQDQIVHDPSVSTSVAQLEQDLSTTSPLPMAGIRHCPPTIGKVPKILLNITNQSEGDLTCLTPQKKLLNNIETVERVVMEELHKLKRTPSAKKAERQKRVRTLM...
XP_057783586.1
MPEARDRLPREDDVMASYSNRRRIIGGGNRNSDVFILEEEAEDQATGTPFRWRGASMVGTPASMGVARRRGGFGSPRFGRSPNFGRSSSLVMGRENMSPVVGRGRGRGGLRGRGSILLPAWYPRKPLRDITAVVRAIERRRARREEGEGLETESPLLQDQIVHDPSVSTSVAQLEQDLSTTSPLPMAGIRHCPPTIGKVPKILLNITNQSEGDLTCLTPQKKLLNNIETVERVVMEELHKLKRTPSAKKAERQKRVRTLM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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