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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004314

染色体: Chr01 坐标: 61312743-61316905 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004314
名称SmilChr01G004314
描述receptor protein kinase-like protein ZAR1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61312743 - 61316905 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001317
GeneID131001317
locus_tag-
NCBI NameLOC131001317
原始查询SmilChr01G004314

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor protein kinase-like protein ZAR1
产物receptor protein kinase-like protein ZAR1
ArabidopsisAT3G57830 (AT3G57830)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824952]
identity=56.1; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0506400 (OsRLCK257)
-
identity=47.2; qcov=1.06; evalue=5.06e-171; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001317

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057783665.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783665.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783665.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783665.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783665.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:61313037 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79
Chr1:61313050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67
Chr1:61313116 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr1:61313147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,D11
Chr1:61313407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,B27,C47
Chr1:61313409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr1:61315606 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr1:61315817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C44
Chr1:61315861 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr1:61316079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B75,C1,C51,C67
Chr1:61316286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C50,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783665.1
619 aa
N
1
310
619
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_1
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF08263 LRRNT_2 24-65 aa PF00560 LRR_1 95-116 aa PF00560 LRR_1 118-140 aa PF00560 LRR_1 146-164 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 326-612 aa PF00069 Pkinase 353-607 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783665.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 24 65 3.4e-11 43.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057783665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 95 116 1.4e-10 39.9 Leucine Rich Repeat
XP_057783665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 118 140 1.4e-10 39.9 Leucine Rich Repeat
XP_057783665.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 146 164 1.4e-10 39.9 Leucine Rich Repeat
XP_057783665.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 326 612 1.4e-23 84.3 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057783665.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 353 607 5.5e-18 66.0 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927682.1
ACATTAATTACTGTATTCACTCAATTTTGGAATAGACTTTTAGAGAAGCAGGAAGCCAGAAATCACTACCATCGTCAAAGCACAATTCAAACCAAATTCCTACATTACTTACTCCATTAAAATTACCTCGAAAATACCATTAATTTTCAAATTGAATCACCAAATCCTTATTCCCATCATCGTCACCAACCACCCCACCATCAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGTGGCTCTTCTTGGCCATCTTCACATTAATCCCACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001317
ATGCAAAGCTTGAATGCTCTTTTCAACCTCTTTTACTTGTCCACATTCTGCATTTGTCTCTCATCTTCACTCAACTCAGATGGGCTCTCACTCTTAGCTCTAAAAGCCGCCATTATCAAAGATCCAAACAGAGCTCTCATTTCTTGGTCGGAGCTCGACGCAACCCCGTGCAGGTGGGCCGGGATCGCCTGCGATCGCGCCCACCGCCGCGTGATCTCCGTTTCACTCTCGAGCAAGAATCTGACGGGATACATTCCGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783665.1
MQSLNALFNLFYLSTFCICLSSSLNSDGLSLLALKAAIIKDPNRALISWSELDATPCRWAGIACDRAHRRVISVSLSSKNLTGYIPSEIGALSFLAFLDLSHNFFSGTLPQQIGTLQNLVHFDISSNNFNGSLLEGLSNLTHLQGTLNLSYNAFSGEIPLSFGQFPVMVSLDLRCNNLTGKIPQVGSLLNQGPTAFAGNLYLCGFPLSTPCTVPEAQNPRFLENPQKPEGNAGGGLVEGRKINGGSVTISVISGVSVVVG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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