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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004315

染色体: Chr01 坐标: 61326946-61330648 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004315
名称SmilChr01G004315
描述uncharacterized SmilChr01G004315
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61326946 - 61330648 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001378
GeneID131001378
locus_tag-
NCBI NameLOC131001378
原始查询SmilChr01G004315

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述caveolin-1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843981]; symbol=AT1G76480; hit=AT1G76480; species=arabidopsis; confidence=high
产物caveolin-1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843981]; symbol=AT1G76480; hit=AT1G76480; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G76480 (AT1G76480)
caveolin-1 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843981]
identity=53.5; qcov=0.846; evalue=4.13e-56; confidence=high
RiceOs03g0804100
-
identity=54.5; qcov=0.766; evalue=2.3e-47; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001378

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057783733.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057783733.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057783733.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783733.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783733.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:61327191 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:61327849 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:61328193 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B104,B13,B27,C47
Chr1:61328260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927758.1
TTGATTTATTTTCACAATTATAGTAATCACTTCCTATCTCCGACGCCACCTTAACTCCGCCGCCTGAGTCCGCCATTTTACTCCTCCCTTTTCCGATTGCTCGAGCTCCTCTTCCCCTAAGCCTCAGACCCGCAAGTATTGCTTGAAATACAAGATCGGTATTGCATTTTGCGACACGGCGCGTCATTCAATCCACAAAGGATCCAGCTGTAAGTCCTTTGAGCATTTGCAGTCGGGTTACCTTTTTAAGGTTGTTTTGA...
XM_057927750.1
ATGAAAATATAAAAAACAACATAAGTGAATAAAGAAAAATCAGAACAGAACTGCAGCGCGTCTTCTTCGCCATTTTTCTGCTTCTTCTTCGCAAGATTTATCCTCCAAAAGTCGCTTATTCATTGATGCAATTGGTATCCATTTCAACTGACGAGAAACATGAAATGCTTTGAGTGGTTACTCGCATGCTCTCTGATCACGCTACTTAGTAGTCCATCATACAGTTATGGAAATGTGATGAACGATAAAGTTTTGCGTGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131001378
ATGAAATGCTTTGAGTGGTTACTCGCATGCTCTCTGATCACGCTACTTAGTAGTCCATCATACAGTTATGGAAATGTGATGAACGATAAAGTTTTGCGTGTTGGCGAGGAGCTTTTCAAGGAAACGTTGCCGCTACAAAGTGGTGCTCGCCTGTACCACTTGCAAGGATTAAAACCCCAGACGTGGTATGAAGTGAAGATATCATATCCTGCTTCTATACCCGCCAGTTTTTCTTTGCAACTAGAAAGAGGCACTCCGGA...
LOC131001378
ATGAAATGCTTTGAGTGGTTACTCGCATGCTCTCTGATCACGCTACTTAGTAGTCCATCATACAGTTATGGAAATGTGATGAACGATAAAGTTTTGCGTGTTGGCGAGGAGCTTTTCAAGGAAACGTTGCCGCTACAAAGTGGTGCTCGCCTGTACCACTTGCAAGGATTAAAACCCCAGACGTGGTATGAAGTGAAGATATCATATCCTGCTTCTATACCCGCCAGTTTTTCTTTGCAACTAGAAAGAGGCACTCCGGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057783733.1
MKCFEWLLACSLITLLSSPSYSYGNVMNDKVLRVGEELFKETLPLQSGARLYHLQGLKPQTWYEVKISYPASIPASFSLQLERGTPELGLNQGRKLLNTEKIIFKTDGITSLIERGDMSVLVNVKPEGVVAIPGKQEMEYVIFNIVCDELLLGIPHEAWYVVVFILIGLVLAFVVPSYLPAFLLPKDGRQPLFDHTVTKAS
XP_057783741.1
MKCFEWLLACSLITLLSSPSYSYGNVMNDKVLRVGEELFKETLPLQSGARLYHLQGLKPQTWYEVKISYPASIPASFSLQLERGTPELGLNQGRKLLNTEKIIFKTDGITSLIERGDMSVLVNVKPEGVVAIPGKQEMEYVIFNIVCDELLLGIPHEAWYVVVFILIGLVLAFVVPSYLPAFLLPKDGRQPLFDHTVTKAS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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