Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004322

染色体: Chr01 坐标: 61390834-61391673 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004322
名称SmilChr01G004322
描述uncharacterized SmilChr01G004322
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61390834 - 61391673 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001399
GeneID131001399
locus_tag-
NCBI NameLOC131001399
原始查询SmilChr01G004322

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824948]; symbol=AT3G57785; hit=AT3G57785; species=arabidopsis; confidence=high
产物ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824948]; symbol=AT3G57785; hit=AT3G57785; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G57785 (AT3G57785)
ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824948]
identity=72.6; qcov=0.93; evalue=5.81e-51; confidence=high
RiceOs09g0487500
-
identity=85.9; qcov=0.623; evalue=2.51e-43; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001399

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057783768.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057783768.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057783768.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057783768.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783768.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:61391128 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,B138,D7
Chr1:61391137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B66,B83
Chr1:61391163 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr1:61391170 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C16,D1
Chr1:61391183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B31,B64
Chr1:61391194 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,D10
Chr1:61391195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B36,C20
Chr1:61391198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B13
Chr1:61391219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C20
Chr1:61391236 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B34,B49,C12,C70
Chr1:61391245 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr1:61391294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927785.1
GATGGAGATGCTCTGAAACTTTTTGTTACATATGAAAATTTTACGATTTGAATATCTACATATGGACGCTATCATATTAAAAATTTACAATCATCGTTCGTGCGGGCCAATTTGCAATTTCCCCAAAATAGAATGCGTTAGTTCCATTTCTTATCTCCCAAGGACCAAAAATTAATATGCAAGTTCTGCGAACGACGCCGTACTAGCACTCCGCAAAGTCGGATCGGGAATATTTCAAGCACAAAACAGAAAACACCACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131001399
ATGCCGCCGTTCAAGCCATTCGCGACCGCCGCGAACACTCTCCGGGCCCGCCTCACCCCGTCGATTCGCACCCGTGGCGGAGGAGGCGGGCCGAGCCGCTGGACCACTCCGGGCCACGAGGAGCGGCCGAAAGGTTTCGCCTTCAACCGGACGCCGCTGCCAGCGGGGGAGTCGCGAAAGTGGGAGGACTGGGAGCTTCCGTGCTACATCACTAGCTTCCTCACCATCGTCATTCTCGGAGTGGGCCTCAGCGCGAAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057783768.1
MPPFKPFATAANTLRARLTPSIRTRGGGGGPSRWTTPGHEERPKGFAFNRTPLPAGESRKWEDWELPCYITSFLTIVILGVGLSAKPDLTIETWAHQKALERLELEASQRADSD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器