当前解析结果
SmilChr01G004326| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004326 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004326 |
| 描述 | zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 8-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 61412236 - 61414958 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131002323 |
|---|---|
| GeneID | 131002323 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131002323 |
| 原始查询 | SmilChr01G004326 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 8-like |
| 产物 | zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 8-like |
| Arabidopsis | AT1G51200 (AT1G51200)A20/AN1-like zinc finger family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841543] identity=54.5; qcov=1.07; evalue=1.68e-46; confidence=medium |
| Rice | Os06g0612800 (Osi-SAP8)- identity=63.5; qcov=1.03; evalue=4.92e-76; confidence=high |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01428 (zf-AN1); PF01754 (zf-A20) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131002323 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057784800.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057784800.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057784800.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057784800.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057784800.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:61412639 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B125,B90,B92 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057784800.1PF01754
zf-A20 16-41 aa
PF01428
zf-AN1 106-143 aa
XP_057784807.1PF01754
zf-A20 16-41 aa
PF01428
zf-AN1 106-143 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057784800.1 |
Pfam | PF01754 |
zf-A20 | Domain | 16 | 41 | 8.5e-14 | 51.6 | A20-like zinc finger |
XP_057784800.1 |
Pfam | PF01428 |
zf-AN1 | Domain | 106 | 143 | 5e-08 | 33.6 | AN1-like Zinc finger |
XP_057784807.1 |
Pfam | PF01754 |
zf-A20 | Domain | 16 | 41 | 8.5e-14 | 51.6 | A20-like zinc finger |
XP_057784807.1 |
Pfam | PF01428 |
zf-AN1 | Domain | 106 | 143 | 5e-08 | 33.6 | AN1-like Zinc finger |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。