Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004340`

染色体: Chr01 坐标: 61577957-61579945 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004340`
名称	SmilChr01G004340
描述	remorin 4.2-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	61577957 - 61579945 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131002174`
GeneID	`131002174`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131002174`
原始查询	`SmilChr01G004340`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	remorin 4.2-like
产物	remorin 4.2-like
Arabidopsis	`AT2G41870` (AT2G41870) Remorin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818787] identity=46.5; qcov=0.957; evalue=1.85e-45; confidence=medium
Rice	`Os07g0569100` (REM4.1) - identity=44.1; qcov=1.03; evalue=7.6e-36; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03763 (Remorin_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131002174

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057784711.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057784712.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057784712.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057784712.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784711.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:61578450`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr1:61578480`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr1:61579465`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,B35,B80,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784711.1

249 aa

124

249

Remorin_C

PF03763 Remorin_C 139-245 aa

XP_057784712.1

207 aa

104

207

Remorin_C

PF03763 Remorin_C 139-188 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784711.1`	Pfam	`PF03763`	Remorin_C	Family	139	245	1.4e-31	109.2	Remorin, C-terminal region
`XP_057784712.1`	Pfam	`PF03763`	Remorin_C	Family	139	188	1.4e-10	41.7	Remorin, C-terminal region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928729.1
AGAACCACCAACAAAACAATCACAGAATACCACAATAACGTCTGCAAATCAGTTTGTCATCACAATATCCAATTCAAGTGTTGAATGAGAGAGCAATCAATTCCAAAAACGTATTTCCTTTTGCATGCATGTGTGGCTCAAACTACTTCCCTTTGATCAAAGATGAATAGCGACTCCATCATCAAAAATCACACACACAACACACAGTGACACCCCCCCTCCCAAAAAAAAACCAGAGAAAATAACTAGTAGATATGTCG...

XM_057928728.1
AGAACCACCAACAAAACAATCACAGAATACCACAATAACGTCTGCAAATCAGTTTGTCATCACAATATCCAATTCAAGTGTTGAATGAGAGAGCAATCAATTCCAAAAACGTATTTCCTTTTGCATGCATGTGTGGCTCAAACTACTTCCCTTTGATCAAAGATGAATAGCGACTCCATCATCAAAAATCACACACACAACACACAGTGACACCCCCCCTCCCAAAAAAAAACCAGAGAAAATAACTAGTAGATATGTCG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131002174
ATGTCGAACGATCAAAGAGCTCTAACTCTAGCAAACGCCTTGGACGACGGGGACGACGGCGGCTCCCCGGCCGTCAGGGACATCCACGCCCTGACGCCGCCCCGTGCCCCACGGGCGGCGTGGGAGACCGGCAGCCATAGGTCATCATCCCTCTCGACGGAGGGCGGGGGCGAGAACTTCAGCAGCATGAGCAGGGAGTTCAACGCCCTCGTCCTTGCGGGGGCCACCATCGGTGAACACGAGTCGGGCTCGGGTAGTTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057784711.1
MSNDQRALTLANALDDGDDGGSPAVRDIHALTPPRAPRAAWETGSHRSSSLSTEGGGENFSSMSREFNALVLAGATIGEHESGSGSLLGRIREEGNFQEETNPLAIVPDTSALDPVQSPRGRRAGHNGGEMSVHRVKKEEVESKIHAWQNAKVAKINNRFKREDAIINGWEGEQVQKATSWMKKVERKLEEKRAKAQEKMQNEIAKAHRKAEERRASAEAKRGTKVARVLEIANLMRAVGRPPVKRSFF

XP_057784712.1
MSNDQRALTLANALDDGDDGGSPAVRDIHALTPPRAPRAAWETGSHRSSSLSTEGGGENFSSMSREFNALVLAGATIGEHESGSGSLLGRIREEGNFQEETNPLAIVPDTSALDPVQSPRGRRAGHNGGEMSVHRVKKEEVESKIHAWQNAKVAKINNRFKREDAIINGWEGEQVQKATSWMKKVEYEKFAEEARGEESKSTGENAE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器