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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004348

染色体: Chr01 坐标: 61644302-61653705 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004348
名称SmilChr01G004348
描述villin-3
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61644302 - 61653705 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001530
GeneID131001530
locus_tag-
NCBI NameLOC131001530
原始查询SmilChr01G004348

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述villin-3
产物villin-3
ArabidopsisAT2G41740 (VLN2)
villin 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818773]
identity=65.9; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0356700 (VLN2)
-
identity=62.3; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GOGO:0007010 (cytoskeleton organization); GO:0051014 (actin filament severing); GO:0051015 (actin filament binding)
KEGG-
PfamPF00626 (Gelsolin); PF02209 (VHP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001530

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057783919.1
2 Cell projection 细胞突起 1.00000 XP_057783919.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057783919.1
4 Pseudopodium Pseudopodium 0.80000 XP_057783919.1
5 Ruffle Ruffle 0.80000 XP_057783919.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:61647354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,C47
Chr1:61647355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:61649867 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:61649916 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr1:61651102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B26,C38,C40,C75
Chr1:61651183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:61651737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr1:61652908 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783919.1
954 aa
N
1
477
954
Gelsolin
Gelsolin
Gelsolin
Gelsolin
Gelsolin
Gelsolin
VHP
C
PF00626 Gelsolin 29-111 aa PF00626 Gelsolin 150-220 aa PF00626 Gelsolin 269-337 aa PF00626 Gelsolin 405-483 aa PF00626 Gelsolin 532-601 aa PF00626 Gelsolin 635-711 aa PF02209 VHP 919-954 aa
XP_057783928.1
954 aa
N
1
477
954
Gelsolin
Gelsolin
Gelsolin
Gelsolin
Gelsolin
Gelsolin
VHP
C
PF00626 Gelsolin 29-111 aa PF00626 Gelsolin 150-220 aa PF00626 Gelsolin 269-337 aa PF00626 Gelsolin 405-483 aa PF00626 Gelsolin 532-601 aa PF00626 Gelsolin 635-711 aa PF02209 VHP 919-954 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783919.1 Pfam PF00626 Gelsolin Domain 29 111 1.7e-72 240.0 Gelsolin repeat
XP_057783919.1 Pfam PF00626 Gelsolin Domain 150 220 1.7e-72 240.0 Gelsolin repeat
XP_057783919.1 Pfam PF00626 Gelsolin Domain 269 337 1.7e-72 240.0 Gelsolin repeat
XP_057783919.1 Pfam PF00626 Gelsolin Domain 405 483 1.7e-72 240.0 Gelsolin repeat
XP_057783919.1 Pfam PF00626 Gelsolin Domain 532 601 1.7e-72 240.0 Gelsolin repeat
XP_057783919.1 Pfam PF00626 Gelsolin Domain 635 711 1.7e-72 240.0 Gelsolin repeat
XP_057783919.1 Pfam PF02209 VHP Domain 919 954 5.5e-16 58.9 Villin headpiece domain
XP_057783928.1 Pfam PF00626 Gelsolin Domain 29 111 1.7e-72 240.0 Gelsolin repeat
XP_057783928.1 Pfam PF00626 Gelsolin Domain 150 220 1.7e-72 240.0 Gelsolin repeat
XP_057783928.1 Pfam PF00626 Gelsolin Domain 269 337 1.7e-72 240.0 Gelsolin repeat
XP_057783928.1 Pfam PF00626 Gelsolin Domain 405 483 1.7e-72 240.0 Gelsolin repeat
XP_057783928.1 Pfam PF00626 Gelsolin Domain 532 601 1.7e-72 240.0 Gelsolin repeat
XP_057783928.1 Pfam PF00626 Gelsolin Domain 635 711 1.7e-72 240.0 Gelsolin repeat
XP_057783928.1 Pfam PF02209 VHP Domain 919 954 5.5e-16 58.9 Villin headpiece domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927945.1
TTTCTCTCACTCTCTCTCTACTTTTTCCCATTTTGCCAGCTCTGCTGCCTCTTCTCTCCCCCCTATAAACCTTTCTCTTTTAATACACTTTCTCTCTCTAAAAACTCCGGTCATCAACATTTCGTAACTGAGACAGTTGAAGTGTGATACTGTGATAGAATTTGAAGAGATCTCTCAAAGGTCCGCAGTTTGCTGATTGAATTTGGACGGGGACTTTGAAGATATTGTCATCTGTTTTGTAATTCCGAACGGTATCATAC...
XM_057927936.1
TTTCTCTCACTCTCTCTCTACTTTTTCCCATTTTGCCAGCTCTGCTGCCTCTTCTCTCCCCCCTATAAACCTTTCTCTTTTAATACACTTTCTCTCTCTAAAAACTCCGGTCATCAACATTTCGTAACTGAGACAGTTGAAGTGTGATACTGTGATAGAATTTGAAGAGATCTCTCAAAGGACTTTGAAGATATTGTCATCTGTTTTGTAATTCCGAACGGTATCATACAATGTCTAGCTCAGCAAAAGCTCTGGAGCCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001530
ATGTCTAGCTCAGCAAAAGCTCTGGAGCCTGCTTTTCAAGGAGCGGGTCAGAGAGTAGGGACTGAGATCTGGAGGATCGAGAATTTCCAACCAGTTCCTTTGCCAAAGTCTGACTATGGTAAATTCTGCTGTGGAGATTCGTATATTATTCTTCAGACTAGTTCTGGTAAGGGAGGTGCTTATCTTTATGACATTCACTTCTGGCTTGGAAAGGACACTAGCCAGGATGAAGCTGGGACTGCCGCTATCAAAACTGTCGA...
LOC131001530
ATGTCTAGCTCAGCAAAAGCTCTGGAGCCTGCTTTTCAAGGAGCGGGTCAGAGAGTAGGGACTGAGATCTGGAGGATCGAGAATTTCCAACCAGTTCCTTTGCCAAAGTCTGACTATGGTAAATTCTGCTGTGGAGATTCGTATATTATTCTTCAGACTAGTTCTGGTAAGGGAGGTGCTTATCTTTATGACATTCACTTCTGGCTTGGAAAGGACACTAGCCAGGATGAAGCTGGGACTGCCGCTATCAAAACTGTCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057783919.1
MSSSAKALEPAFQGAGQRVGTEIWRIENFQPVPLPKSDYGKFCCGDSYIILQTSSGKGGAYLYDIHFWLGKDTSQDEAGTAAIKTVELDAALGGRAVQYRELQGHESDKFLSYFKPCIIPLEGGVATGFRKAEEEEFETRLYICRGKRVVRLKQVPFSRSSLNHDDVFILDTKDKIYQFNGANSNIQERAKALEVIQFLKDKYHEGMCDVAIVDDGKLQAETASGEFWVLFGGFAPIGKKVATEDDIIPEKTPAKLFSIV...
XP_057783928.1
MSSSAKALEPAFQGAGQRVGTEIWRIENFQPVPLPKSDYGKFCCGDSYIILQTSSGKGGAYLYDIHFWLGKDTSQDEAGTAAIKTVELDAALGGRAVQYRELQGHESDKFLSYFKPCIIPLEGGVATGFRKAEEEEFETRLYICRGKRVVRLKQVPFSRSSLNHDDVFILDTKDKIYQFNGANSNIQERAKALEVIQFLKDKYHEGMCDVAIVDDGKLQAETASGEFWVLFGGFAPIGKKVATEDDIIPEKTPAKLFSIV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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