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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004350

染色体: Chr01 坐标: 61700571-61709022 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004350
名称SmilChr01G004350
描述uncharacterized SmilChr01G004350
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61700571 - 61709022 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131001469
GeneID131001469
locus_tag-
NCBI NameLOC131001469
原始查询SmilChr01G004350

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828454]; symbol=AT4G23540; hit=AT4G23540; species=arabidopsis; confidence=medium
产物ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828454]; symbol=AT4G23540; hit=AT4G23540; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G23540 (AT4G23540)
ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828454]
identity=42.8; qcov=0.56; evalue=4.07e-128; confidence=medium
RiceOs01g0957900
-
identity=34.9; qcov=0.643; evalue=7.03e-108; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF08161 (RRP12_HEAT); PF25772 (HEAT_RRP12_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131001469

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057783845.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057783845.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057783845.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057783845.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057783845.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:61700925 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:61701823 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr1:61703870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,D11,D7
Chr1:61704061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr1:61704894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B44,B50,B52
Chr1:61705317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr1:61705764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr1:61705784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr1:61706900 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:61707507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,B97
Chr1:61708036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,D1
Chr1:61708265 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,B83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057783845.1
1136 aa
N
1
568
1136
HEAT_RRP12_N
RRP12_HEAT
C
PF25772 HEAT_RRP12_N 8-286 aa PF08161 RRP12_HEAT 352-655 aa
XP_057783850.1
1058 aa
N
1
529
1058
HEAT_RRP12_N
RRP12_HEAT
C
PF25772 HEAT_RRP12_N 8-286 aa PF08161 RRP12_HEAT 465-578 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057783845.1 Pfam PF25772 HEAT_RRP12_N Repeat 8 286 2.1e-90 303.4 RRP12-like, N-terminal HEAT repeats
XP_057783845.1 Pfam PF08161 RRP12_HEAT Repeat 352 655 5.2e-44 151.5 Ribosomal RNA-processing protein 12, HEAT repeats
XP_057783850.1 Pfam PF25772 HEAT_RRP12_N Repeat 8 286 1.8e-90 303.6 RRP12-like, N-terminal HEAT repeats
XP_057783850.1 Pfam PF08161 RRP12_HEAT Repeat 465 578 1e-16 61.9 Ribosomal RNA-processing protein 12, HEAT repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057927862.1
AAGTAATGGAGAAATATTGGGTACATTTAAGCATCGTCTTCCAAAACCCCTCATAAACCCTAACCGTTTTTTCTAAACTAGTTGCCACCTCTCAGCTCAAATTACGCCGTTCCGCTGCCGCCGTCGTAATGGAGAACGACGCCGTTGAAGCACTGCAGTCATTCGTCGCAGAAGCTGACATATGCCAACAGCTTCTAACCCGCTACGCCCGCTCCTCCGCTGCTCAGCACCGTCACCTCTGCGCCACCGCCGCCGCCACC...
XM_057927867.1
TCGTCTTCCAAAACCCCTCATAAACCCTAACCGTTTTTTCTAAACTAGTTGCCACCTCTCAGCTCAAATTACGCCGTTCCGCTGCCGCCGTCGTAATGGAGAACGACGCCGTTGAAGCACTGCAGTCATTCGTCGCAGAAGCTGACATATGCCAACAGCTTCTAACCCGCTACGCCCGCTCCTCCGCTGCTCAGCACCGTCACCTCTGCGCCACCGCCGCCGCCACCCGCTCGATCATTCAGTCAGCTTCTTTGCCTCTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131001469
ATGGAGAACGACGCCGTTGAAGCACTGCAGTCATTCGTCGCAGAAGCTGACATATGCCAACAGCTTCTAACCCGCTACGCCCGCTCCTCCGCTGCTCAGCACCGTCACCTCTGCGCCACCGCCGCCGCCACCCGCTCGATCATTCAGTCAGCTTCTTTGCCTCTTACTCCGATATCGTACTTCGCTGCCGCCATCACTTCTCTCTCCAATTCTGAGAACTTAGACTCTAATGCTCTCGGTGCGGTGACCTCTTTCATATC...
LOC131001469
ATGGAGAACGACGCCGTTGAAGCACTGCAGTCATTCGTCGCAGAAGCTGACATATGCCAACAGCTTCTAACCCGCTACGCCCGCTCCTCCGCTGCTCAGCACCGTCACCTCTGCGCCACCGCCGCCGCCACCCGCTCGATCATTCAGTCAGCTTCTTTGCCTCTTACTCCGATATCGTACTTCGCTGCCGCCATCACTTCTCTCTCCAATTCTGAGAACTTAGACTCTAATGCTCTCGGTGCGGTGACCTCTTTCATATC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057783845.1
MENDAVEALQSFVAEADICQQLLTRYARSSAAQHRHLCATAAATRSIIQSASLPLTPISYFAAAITSLSNSENLDSNALGAVTSFISIVLPLVGRGQIKPEKAEEAAKVLVTIVEESGGKLGTSGVRAVVKCVGVLVAEFCNLEEWDSVALGFEWLLRFSIDKRPKVRKSAQDCLLKVFKSFEHSSISKKASKSIYLLLKDHMPSPAGISTSKIVDASRHEPMSRSEHQEVLHLLNIMKHVVPDLSPKVREKVLSKLLKI...
XP_057783850.1
MENDAVEALQSFVAEADICQQLLTRYARSSAAQHRHLCATAAATRSIIQSASLPLTPISYFAAAITSLSNSENLDSNALGAVTSFISIVLPLVGRGQIKPEKAEEAAKVLVTIVEESGGKLGTSGVRAVVKCVGVLVAEFCNLEEWDSVALGFEWLLRFSIDKRPKVRKSAQDCLLKVFKSFEHSSISKKASKSIYLLLKDHMPSPAGISTSKIVDASRHEPMSRSEHQEVLHLLNIMKHVVPDLSPKVREKVLSKLLKI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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