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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004353`

染色体: Chr01 坐标: 61726229-61726660 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004353`
名称	SmilChr01G004353
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77360, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	61726229 - 61726660 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131002347`
GeneID	`131002347`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131002347`
原始查询	`SmilChr01G004353`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77360, mitochondrial-like
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At1g77360%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT1G77360` (APPR6) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844072] identity=62; qcov=1.05; evalue=1.4e-59; confidence=high
Rice	`Os03g0761300` - identity=62.7; qcov=1.05; evalue=1.71e-60; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131002347

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057784823.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.40000	`XP_057784823.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784823.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784823.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784823.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:61726408`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,D11
`Chr1:61726451`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:61726619`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,B5,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784823.1

143 aa

143

PPR_3

PPR_1

PPR_2

PPR

PPR_1

PPR_3

PPR_2

PPR

PF13812 PPR_3 1-56 aa PF12854 PPR_1 4-35 aa PF13041 PPR_2 8-55 aa PF01535 PPR 12-36 aa PF12854 PPR_1 40-71 aa PF13812 PPR_3 41-87 aa PF13041 PPR_2 42-91 aa PF01535 PPR 46-73 aa PF01535 PPR 81-104 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784823.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	1	56	9.8e-13	48.7	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057784823.1`	Pfam	`PF12854`	PPR_1	Repeat	4	35	1.6e-23	82.9	PPR repeat
`XP_057784823.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	8	55	9.4e-29	100.0	PPR repeat family
`XP_057784823.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	12	36	8.8e-14	51.4	PPR repeat
`XP_057784823.1`	Pfam	`PF12854`	PPR_1	Repeat	40	71	1.6e-23	82.9	PPR repeat
`XP_057784823.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	41	87	9.8e-13	48.7	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057784823.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	42	91	9.4e-29	100.0	PPR repeat family
`XP_057784823.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	46	73	8.8e-14	51.4	PPR repeat
`XP_057784823.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	81	104	8.8e-14	51.4	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928840.1
ATGGACAAGAAGGGGGTGAGTCCCAATTCAAGAACCTACAACATTCTCATCAATGCCTTGATTGGCCGTGGGGAGACGGATGAGGCGTTTAAGGTGTTCCGGAAGCTGTCTAAAGTCTGTGAGCCAGATGCAGACATGTACACGATGATGATCAAGATGTTCTGTGAGAGAGATGAGCTGGAGGTGGCTCACAAAGTGTGGAGGTATATGGAGAGGAAGCTGTTTGCTCCGAGCTTGCACACATTTTCTGCACTGATCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131002347
ATGGACAAGAAGGGGGTGAGTCCCAATTCAAGAACCTACAACATTCTCATCAATGCCTTGATTGGCCGTGGGGAGACGGATGAGGCGTTTAAGGTGTTCCGGAAGCTGTCTAAAGTCTGTGAGCCAGATGCAGACATGTACACGATGATGATCAAGATGTTCTGTGAGAGAGATGAGCTGGAGGTGGCTCACAAAGTGTGGAGGTATATGGAGAGGAAGCTGTTTGCTCCGAGCTTGCACACATTTTCTGCACTGATCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784823.1
MDKKGVSPNSRTYNILINALIGRGETDEAFKVFRKLSKVCEPDADMYTMMIKMFCERDELEVAHKVWRYMERKLFAPSLHTFSALINGLCDKSDPSRACVLMERGIRPGRHTFGKLRKLLLKEGREDVVEFLQEKMNQEPLCD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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