Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004363`

染色体: Chr01 坐标: 61814118-61816824 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004363`
名称	SmilChr01G004363
描述	xylan glycosyltransferase MUCI21-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	61814118 - 61816824 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001664`
GeneID	`131001664`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001664`
原始查询	`SmilChr01G004363`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	xylan glycosyltransferase MUCI21-like
产物	xylan glycosyltransferase MUCI21-like
Arabidopsis	`AT2G41640` (AT2G41640) Glycosyltransferase family 61 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818762] identity=55.6; qcov=0.825; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0498300` - identity=61.2; qcov=0.669; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF04577 (Glyco_transf_61)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001664

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057784213.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784213.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784213.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784213.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057784213.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:61814300`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	14	B100,B11,B110,B120,B127,B132,B17,B45,B99,C31,C43,C46,C56,C60
`Chr1:61814320`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A23
`Chr1:61814635`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C36
`Chr1:61814688`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B128,B61
`Chr1:61814871`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr1:61815403`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:61816457`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B24,B36,B66,B72,C25
`Chr1:61816471`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B21
`Chr1:61816471`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B21
`Chr1:61816564`	`T`	`TAC`	2bp_insertion	frameshift_variant	2	A13,B21
`Chr1:61816564`	`T`	`TAC`	2bp_insertion	CDS_variant	2	A13,B21
`Chr1:61816585`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	15	A21,A22,B128,B44,B57,B68,B77,B8,B81,B89,B91,B93,C34,C57,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784213.1

628 aa

314

628

Glyco_transf_61

PF04577 Glyco_transf_61 439-524 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784213.1`	Pfam	`PF04577`	Glyco_transf_61	Family	439	524	8.8e-14	52.6	Glycosyltransferase 61

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928230.1
CACAAACTTTATTTTCCTATGTATGTAAAAGAGAAATGAAATTATATCATATTTAATTATATATGAATGCTCAAACCTAAATACCCAGCCCTCATTCTATTTCAAAGTTTCATTACGCATCTCAAATATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTATCTGTCTCTCTCTCTCCAAGAATATACAGAGAGCCAGCCACCCCAGAAGGAACCGAGCACCTCCTATCCCACAAGCAAAACCAGACAGGCACATATGACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001664
ATGCTCAAACCTAAATACCCAGCCCTCATTCTATTTCAAAGTTTCATTACGCATCTCAAATATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTATCTGTCTCTCTCTCTCCAAGAATATACAGAGAGCCAGCCACCCCAGAAGGAACCGAGCACCTCCTATCCCACAAGCAAAACCAGACAGGCACATATGACATATTCCTTTTCTCTCTCCACAATATAAAGCTTCCTTCTTTACAGCTCTTCAAGCAGACCCTCTCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784213.1
MLKPKYPALILFQSFITHLKYLSLSLSLSLLSVSLSPRIYREPATPEGTEHLLSHKQNQTGTYDIFLFSLHNIKLPSLQLFKQTLSLSLSLSLSLFFVDTRTTFVRAKMVKYQKNFLHSQWRKGKEYVFVVDEDSGLDPLGLICANSSSHSSSSRRFKPKFLYFAFFSLVSCILLLFPMLLSLSSSLSLFYESESGGNGFLCLSVPNDTLCCDRTSRRSDTCVMKGDIRTHPASSSITLYRSNALNDTTSNGGWAYPEAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器