Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004380

染色体: Chr01 坐标: 61996639-61998730 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004380
名称SmilChr01G004380
描述uncharacterized SmilChr01G004380
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向61996639 - 61998730 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131002383
GeneID131002383
locus_tag-
NCBI NameLOC131002383
原始查询SmilChr01G004380

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述threonine-tRNA ligase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824899]; symbol=AT3G57320; hit=AT3G57320; species=arabidopsis; confidence=low
产物threonine-tRNA ligase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824899]; symbol=AT3G57320; hit=AT3G57320; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G57320 (AT3G57320)
threonine-tRNA ligase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824899]
identity=51.5; qcov=0.971; evalue=1.12e-20; confidence=low
RiceOs07g0661700 (P0453E03.109)
-
identity=51; qcov=0.923; evalue=2.82e-20; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131002383

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057784868.1
2 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057784868.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784868.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784868.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784868.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:61997412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B19,B21,B83,C24
Chr1:61997413 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,A23,D11,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928891.1
GTAAAAGAAACAAACTTGCTACCAAAGTGCTAAAACGTAATTACAAACGTTTATGAAAGTCGCTAATTGATATTTTATTCGTTACTAGTAGTTTTTTCTCAAACAACGATTTCAGTTCGTTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGCGCTGGTCTGAGGAGCGAGGGAGCGAAAAATGGCGGCGGAATCAAACAATCTCGAAGAAATATTGAAGCCTTTTTACCAAAGAGCTTCTGAAGCAGAGGACCGCCTGGC...
XM_057928906.1
GTAAAAGAAACAAACTTGCTACCAAAGTGCTAAAACGTAATTACAAACGTTTATGAAAGTCGCTAATTGATATTTTATTCGTTACTAGTAGTTTTTTCTCAAACAACGATTTCAGTTCGTTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGCGCTGGTCTGAGGAGCGAGGGAGCGAAAAATGGCGGCGGAATCAAACAATCTCGAAGAAATATTGAAGCCTTTTTACCAAAGAGCTTCTGAAGCAGAGGACCGCCTGGC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131002383
ATGGCGGCGGAATCAAACAATCTCGAAGAAATATTGAAGCCTTTTTACCAAAGAGCTTCTGAAGCAGAGGACCGCCTGGCAAGACTTGAAGCTTCTCTGGCCAGAAACAAAGAATCTGGAAATGACAAACAGCTTAAGTTGGTTGGCGAACTCCAGTCACAGCTCGAAAGTGCAAAGGCCAAGCAGCTTGCTGAAAGCGAAAAGGCTATGAAGGAGTTGCAGAGGCTTAGTGCAGAAAATGCGAAGCTAGAATACCGGAT...
LOC131002383
ATGGCGGCGGAATCAAACAATCTCGAAGAAATATTGAAGCCTTTTTACCAAAGAGCTTCTGAAGCAGAGGACCGCCTGGCAAGACTTGAAGCTTCTCTGGCCAGAAACAAAGAATCTGGAAATGACAAACAGCTTAAGTTGGTTGGCGAACTCCAGTCACAGCTCGAAAGTGCAAAGGCCAAGCAGCTTGCTGAAAGCGAAAAGGCTATGAAGGAGTTGCAGAGGCTTAGTGCAGAAAATGCGAAGCTAGAATACCGGAT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057784868.1
MAAESNNLEEILKPFYQRASEAEDRLARLEASLARNKESGNDKQLKLVGELQSQLESAKAKQLAESEKAMKELQRLSAENAKLEYRIIHLVRALKEADCKLAAK
XP_057784874.1
MAAESNNLEEILKPFYQRASEAEDRLARLEASLARNKESGNDKQLKLVGELQSQLESAKAKQLAESEKAMKELQRLSAENAKLEYRIIHLVRALKEADCKLAAK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器