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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004391`

染色体: Chr01 坐标: 62087391-62090905 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004391`
名称	SmilChr01G004391
描述	DNA repair protein recA homolog 2, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	62087391 - 62090905 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001985`
GeneID	`131001985`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001985`
原始查询	`SmilChr01G004391`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA repair protein recA homolog 2, mitochondrial
产物	DNA repair protein recA homolog 2%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT3G10140` (RECA3) RECA homolog 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820177] identity=64; qcov=0.856; evalue=8.76e-143; confidence=high
Rice	`Os01g0945001` - identity=50.9; qcov=0.964; evalue=1.3e-112; confidence=high
GO	GO:0003697 (single-stranded DNA binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006281 (DNA repair); GO:0140664 (ATP-dependent DNA damage sensor activity)
KEGG	-
Pfam	PF00154 (RecA_N); PF08423 (Rad51)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001985

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.80000	`XP_057784641.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.80000	`XP_057784641.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784641.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784641.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784641.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:62088207`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:62088932`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A11,B82
`Chr1:62089806`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A11,B82
`Chr1:62090467`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18
`Chr1:62090489`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784641.1

395 aa

198

395

RecA_N

Rad51

PF00154 RecA_N 71-335 aa PF08423 Rad51 102-294 aa

XP_057784650.1

389 aa

194

389

RecA_N

Rad51

PF00154 RecA_N 71-335 aa PF08423 Rad51 102-294 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784641.1`	Pfam	`PF00154`	RecA_N	Domain	71	335	6.4e-87	292.0	RecA N-terminal domain
`XP_057784641.1`	Pfam	`PF08423`	Rad51	Domain	102	294	1.2e-08	35.2	Rad51
`XP_057784650.1`	Pfam	`PF00154`	RecA_N	Domain	71	335	6.1e-87	292.1	RecA N-terminal domain
`XP_057784650.1`	Pfam	`PF08423`	Rad51	Domain	102	294	1.2e-08	35.3	Rad51

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009094095.1
AAAATCGCGTTCAGCAATTAACACGAGCTCTCATTCCCTCGCTCAAGTTTTTCGTAAACATGGCGCCAGCTGACTGAAACTTGGTTTCGTTGGAAGAAAAACCCTAATTCTGGGATTTCTGCAAAAATCGGTGAAGAAAAATCAGAGTAGATGGTTTCTTTTGCTTTTATGTCAGCTAAAGTTCTTAGCTCCAATCCATTCTCCACCAATCGCCTCTCATATCTCCTGTCGTCTAGACTTCAGAGTTCTTTTTCTTGGAG...

XM_057928667.1
CAAAATCGCGTTCAGCAATTAACACGAGCTCTCATTCCCTCGCTCAAGTTTTTCGTAAACATGGCGCCAGCTGACTGAAACTTGGTTTCGTTGGAAGAAAAACCCTAATTCTGGGATTTCTGCAAAAATCGGTGAAGAAAAATCAGAGTAGATGGTTTCTTTTGCTTTTATGTCAGCTAAAGTTCTTAGCTCCAATCCATTCTCCACCAATCGCCTCTCATATCTCCTGTCGTCTAGACTTCAGAGTTCTTTTTCTTGGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131001985
ATGGTTTCTTTTGCTTTTATGTCAGCTAAAGTTCTTAGCTCCAATCCATTCTCCACCAATCGCCTCTCATATCTCCTGTCGTCTAGACTTCAGAGTTCTTTTTCTTGGAGAAGAACGCAGTGTTCAAATGCGCTGCCAACAGTTGAAGTTTCGGAATTTGCATATGATGATCATATCCAGGATGATTCCAAGGTGTCAGAGAAAGATGCCGCCTTGCGCATGGCTCTGTCGAAGCTTTCAGGGGAATTTGGTAAAGAATC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057784641.1
MVSFAFMSAKVLSSNPFSTNRLSYLLSSRLQSSFSWRRTQCSNALPTVEVSEFAYDDHIQDDSKVSEKDAALRMALSKLSGEFGKESMLSLQRFFGARRASVISTGSLRLDQALGVGGLPKGRMVEIYGQEASGKTTLALHVIREAQKLGGYCAYLDVENAMCPSLAESIGVNKDSLLIAQPDSAENLLSVVDTLTKSGSVSVIVVDSVAALVPQREVDGVECGPYRDLQAKIMTQALRKIHYSQCNSNTLIIFINQVRK...

XP_057784650.1
MVSFAFMSAKVLSSNPFSTNRLSYLLSSRLQSSFSWRRTQCSNALPTVEVSEFAYDDHIQDDSKVSEKDAALRMALSKLSGEFGKESMLSLQRFFGARRASVISTGSLRLDQALGVGGLPKGRMVEIYGQEASGKTTLALHVIREAQKLGGYCAYLDVENAMCPSLAESIGVNKDSLLIAQPDSAENLLSVVDTLTKSGSVSVIVVDSVAALVPQREVDGVECGPYRDLQAKIMTQALRKIHYSQCNSNTLIIFINQVRK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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