当前解析结果
SmilChr01G004393| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004393 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004393 |
| 描述 | probable inactive purple acid phosphatase 16 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 62098704 - 62102052 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011186 |
|---|---|
| GeneID | 131011186 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011186 |
| 原始查询 | SmilChr01G004393 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable inactive purple acid phosphatase 16 |
| 产物 | probable inactive purple acid phosphatase 16 |
| Arabidopsis | AT3G10150 (PAP16)purple acid phosphatase 16 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820178] identity=59.4; qcov=0.992; evalue=3.44e-98; confidence=high |
| Rice | Os01g0941800 (P0432C03.25-1)- identity=63; qcov=0.863; evalue=1.73e-95; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00149 (Metallophos) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011186 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057794969.1 |
| 2 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057794969.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794969.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794969.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794969.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:62098871 |
ATT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 5 | B114,B26,C38,C40,C75 |
Chr1:62098871 |
ATT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 5 | B114,B26,C38,C40,C75 |
Chr1:62098932 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B64 |
Chr1:62098947 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:62098950 |
GAA |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | D11 |
Chr1:62098950 |
GAA |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr1:62098958 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B13,B38,B39,B70 |
Chr1:62098977 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B1,B7 |
Chr1:62098978 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C63,D9 |
Chr1:62098988 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B72,C70 |
Chr1:62098988 |
G |
GT |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B72,C70 |
Chr1:62099017 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794969.1PF00149
Metallophos 37-138 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794969.1 |
Pfam | PF00149 |
Metallophos | Domain | 37 | 138 | 4.7e-06 | 27.9 | Calcineurin-like phosphoesterase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。