Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004404`

染色体: Chr01 坐标: 62144212-62147492 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004404`
名称	SmilChr01G004404
描述	peptide chain release factor PrfB3, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	62144212 - 62147492 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131001965`
GeneID	`131001965`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131001965`
原始查询	`SmilChr01G004404`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	peptide chain release factor PrfB3, chloroplastic
产物	peptide chain release factor PrfB3%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G57190` (PrfB3) peptide chain release factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824886] identity=52.9; qcov=0.916; evalue=1.27e-128; confidence=high
Rice	`Os07g0546600` (OJ1612_A04.112) - identity=39.8; qcov=0.861; evalue=2.61e-85; confidence=medium
GO	GO:0003747 (translation release factor activity); GO:0006415 (translational termination)
KEGG	-
Pfam	PF00472 (RF-1); PF03462 (PCRF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131001965

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057784611.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057784611.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784611.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784611.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057784611.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:62144504`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B65,C48,C52
`Chr1:62144596`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr1:62144597`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B65,C48,C52
`Chr1:62144854`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr1:62144881`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr1:62144892`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B21,B49,B6,B99,C31
`Chr1:62144927`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr1:62145456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,B132,C46
`Chr1:62145604`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B31,B4,C36,D5,D6
`Chr1:62145911`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B78,C5,D10
`Chr1:62147243`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,B110,B132,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784611.1

417 aa

208

417

PCRF

RF-1

PF03462 PCRF 88-260 aa PF00472 RF-1 305-386 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784611.1`	Pfam	`PF03462`	PCRF	Domain	88	260	5.4e-25	89.1	PCRF domain
`XP_057784611.1`	Pfam	`PF00472`	RF-1	Domain	305	386	1.2e-12	48.5	RF-1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057928628.1
TATGCAAATGCTAATTTCATTCCCGGTTTCTATAATTTTCAATAATGCCTTTAAGGAAGAAAAATACAGCATATTCTTTCAAAAAAAAAAGAAGAAACTAGTAGAAAACAAAAATAACAAATAATTCTGTGAATTGTAAGTGTACGTGCGCGAACCTGGCGCCACTAGCAAGTTCAACTCCTAAACACTAAAAACTACAGCGTGTTTTCCGGTGACCGGCGGAAATGGCGGCTGAGCTTCTGCCGACAGCATTTTTTAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131001965
ATGGCGGCTGAGCTTCTGCCGACAGCATTTTTTAATGAATCCCAGTTCAAGAATAGTCGGAACTGGCTGAATTATTGTCCGAAACCTCGCGCTTCTGCAAATTTCAGTTTAAGAGCTTCTCAAGAACCCCTCGACGATGACAAGAATAAGTTCTACAAAGAACTAGGAATGTTTTCTTTGAGAAAGAGGATAGAAGATTCTGTTCTTCGTGCAGAGATGTTGGCACCAACGGCGTTGGAATTCGAAGAAGCTAAACATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784611.1
MAAELLPTAFFNESQFKNSRNWLNYCPKPRASANFSLRASQEPLDDDKNKFYKELGMFSLRKRIEDSVLRAEMLAPTALEFEEAKHVDQEGVVREYDLWDDLTKSNEILMKLADSAKAVDTLRDLTFKAEEAKLITELAEMDAINYELFKQAYTASLDVNKFLDKYEMSKLLKEPYDVEGACITIESRCGDTCSERWASQLVQMYMKWAERQGYAGRIVERYPSNNGRLKSASIEIEFKFAYGYLSGERGVHSLIRCSDS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器