Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004420`

染色体: Chr01 坐标: 62324104-62326616 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004420`
名称	SmilChr01G004420
描述	mitochondrial fission 1 protein A-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	62324104 - 62326616 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131002523`
GeneID	`131002523`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131002523`
原始查询	`SmilChr01G004420`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mitochondrial fission 1 protein A-like
产物	mitochondrial fission 1 protein A-like
Arabidopsis	`AT3G57090` (BIGYIN) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824876] identity=65.1; qcov=1.02; evalue=1.13e-76; confidence=high
Rice	`Os05g0383000` - identity=67.5; qcov=1.01; evalue=1.84e-79; confidence=high
GO	GO:0000266 (mitochondrial fission); GO:0000422 (autophagy of mitochondrion); GO:0005515 (protein binding); GO:0005741 (mitochondrial outer membrane); GO:0005778 (peroxisomal membrane); GO:0016559 (peroxisome fission)
KEGG	-
Pfam	PF14852 (Fis1_TPR_N); PF14853 (Fis1_TPR_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131002523

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057784991.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057784991.1`
3	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	1.00000	`XP_057784991.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057784991.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057784991.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:62325996`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784991.1

165 aa

165

Fis1_TPR_N

Fis1_TPR_C

PF14852 Fis1_TPR_N 52-82 aa PF14853 Fis1_TPR_C 90-142 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057784991.1`	Pfam	`PF14852`	Fis1_TPR_N	Repeat	52	82	3.3e-12	46.6	Fis1 N-terminal tetratricopeptide repeat
`XP_057784991.1`	Pfam	`PF14853`	Fis1_TPR_C	Repeat	90	142	1.7e-21	76.8	Fis1 C-terminal tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057929008.1
AAAATAAAAGTGAACGAATCGAAAAAGATTCGGCGCACGCTTATTTTTTCTATTAATTTGGTCAAATTACATTAGTTAAGTTGTTTTCTCCTTTTGAATTTTTTCAATAAAACTTAATTAAAGTCCCTAAAAAAACAACTTATTAAAGGTGAAGAGAGTAATAATTATTTTTAAATAGAAAGCAACTTAAACTAGAAGAAAATAGCATTTCAATATCCCAAGTTTTCTGATCAAATAAAAAATAAATATCCCAAAGATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131002523
ATGGACGCCAAGATTAATCAATTCTTCGAGTCTGTCACTAGTTTTTTCGGTGGCGGCGACAACATCCCGTGGTCCACTCCTGATGTTGTCCTCGGCTGTGAGAGAGAAGTTGCAGACGCTGAAAAGGATGGATCTGAGGATCGAGTTAATGACAGTATTATGCGATTGTCGTGGGCTCTTGTTCATTCCAGACAACCTGAAGATGTGCAACGAGGGATAGCCATGCTTGAAGCTTCACTAACCAACACTAATAGTCCATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057784991.1
MDAKINQFFESVTSFFGGGDNIPWSTPDVVLGCEREVADAEKDGSEDRVNDSIMRLSWALVHSRQPEDVQRGIAMLEASLTNTNSPLQKREKLYLLAVGHYRSGDYPRSRHFLDQCLEIAPDWRQALALKKNVEERITKDGVIGIGIAATAVSLIGIAAALARRG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器