Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004421

染色体: Chr01 坐标: 62326690-62328706 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004421
名称SmilChr01G004421
描述AUGMIN subunit 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向62326690 - 62328706 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131002498
GeneID131002498
locus_tag-
NCBI NameLOC131002498
原始查询SmilChr01G004421

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AUGMIN subunit 1-like
产物AUGMIN subunit 1-like
ArabidopsisAT2G41350 (AUG1)
HAUS augmin-like complex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818733]
identity=63.5; qcov=0.878; evalue=4.66e-128; confidence=high
RiceOs08g0240600
-
identity=49.4; qcov=1; evalue=2.97e-76; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0051225 (spindle assembly); GO:0070652 (HAUS complex)
KEGG-
PfamPF25762 (HAUS1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131002498

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057784962.1
2 Spindle Spindle 1.00000 XP_057784962.1
3 Spindle pole Spindle pole 1.00000 XP_057784962.1
4 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057784962.1
5 Centromere 着丝粒 0.80000 XP_057784962.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:62326833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,B75
Chr1:62327029 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:62327241 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,B4,B97
Chr1:62327298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,D11
Chr1:62327330 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,C33
Chr1:62327351 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 49 A14,A16,A24,A25,A7,A9,B107,B108,B113,B119,B123,B127,B136,B140,B28,B29,B33,B37,B4,B47,B52,B55,B62,B64,B69,B76,B8,B81,B84,B89,B91,B97,C18,C2,C20,C25,C27,C29,C30,C34,C35,C57,C65,C71,C79,C8,D1,D10,D4
Chr1:62327474 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:62327897 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:62327922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr1:62327981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784962.1
312 aa
N
1
156
312
HAUS1
C
PF25762 HAUS1 42-279 aa
XP_057784968.1
312 aa
N
1
156
312
HAUS1
C
PF25762 HAUS1 42-279 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784962.1 Pfam PF25762 HAUS1 Coiled-coil 42 279 1.8e-71 241.4 HAUS augmin-like complex subunit 1
XP_057784968.1 Pfam PF25762 HAUS1 Coiled-coil 42 279 1.8e-71 241.4 HAUS augmin-like complex subunit 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057928979.1
GGTGTTTAGAGACACAGGCATATTTGAATATGATATATTATCAAATAAAGTAATCAAGTGAAAATAAAACATAGTAGTAAGATAGAAAGTGGAACATTTTTATTTTCTTTTCAGTTTTTGTTTCATATCTTACCGGCGATCCGTTCTCTCCTCCCGGCGCTCTCGATCGACAGTTCCCAAAATGAACGAAAAAATGAGCTTAAACTTGGGAGAAGTTGATCCTCCGTCTCCGACGCCATACTCCACACCATTTGAGTCAC...
XM_057928985.1
GGTGTTTAGAGACACAGGCATATTTGAATATGATATATTATCAAATAAAGTAATCAAGTGAAAATAAAACATAGTAGTAAGATAGAAAGTGGAACATTTTTATTTTCTTTTCAGTTTTTGTTTCATATCTTACCGGCGATCCGTTCTCTCCTCCCGGCGCTCTCGATCGACAGGTCTCTCTTCTGTTTTTGTATTTTGTATTGATGTGTTGGAATGAAGCATCAGTTTTATGACGATCAACCCAAATTCCGAGTTTGAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131002498
ATGAACGAAAAAATGAGCTTAAACTTGGGAGAAGTTGATCCTCCGTCTCCGACGCCATACTCCACACCATTTGAGTCACCGGAGAGCGGCAGCGCAGCTCGTCCCAGTGCTGCTCGGATCGCAGAAGTGAAGATGTGGCTGGCCTCCCAGTTTCACGAGGTCGGGAAGCACGTGCCCGATTTCGACTACACCCCTCAGAGCATTTCTTACCTCCACAACGTTGTGACTCTGTCCCAAGCTCAAACTGAGGCTGCCACCAT...
LOC131002498
ATGAACGAAAAAATGAGCTTAAACTTGGGAGAAGTTGATCCTCCGTCTCCGACGCCATACTCCACACCATTTGAGTCACCGGAGAGCGGCAGCGCAGCTCGTCCCAGTGCTGCTCGGATCGCAGAAGTGAAGATGTGGCTGGCCTCCCAGTTTCACGAGGTCGGGAAGCACGTGCCCGATTTCGACTACACCCCTCAGAGCATTTCTTACCTCCACAACGTTGTGACTCTGTCCCAAGCTCAAACTGAGGCTGCCACCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057784962.1
MNEKMSLNLGEVDPPSPTPYSTPFESPESGSAARPSAARIAEVKMWLASQFHEVGKHVPDFDYTPQSISYLHNVVTLSQAQTEAATIVLNDFHHKSAEYRAQAARMREVLEKMGLAKESLPPKLVASAHVLANVANLLDIRDTELSSFLVAAFDLSQRKAEAVEKRAQAQQESRQLLDFTRKALARLAYLKRTMTQLENDIAPSEAETEHWKTNMAILDKKETQYLLEYSNYKKMLDRLSYSPEIRHGVLVEMADHRKEL...
XP_057784968.1
MNEKMSLNLGEVDPPSPTPYSTPFESPESGSAARPSAARIAEVKMWLASQFHEVGKHVPDFDYTPQSISYLHNVVTLSQAQTEAATIVLNDFHHKSAEYRAQAARMREVLEKMGLAKESLPPKLVASAHVLANVANLLDIRDTELSSFLVAAFDLSQRKAEAVEKRAQAQQESRQLLDFTRKALARLAYLKRTMTQLENDIAPSEAETEHWKTNMAILDKKETQYLLEYSNYKKMLDRLSYSPEIRHGVLVEMADHRKEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器