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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004424

染色体: Chr01 坐标: 62345826-62348142 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004424
名称SmilChr01G004424
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g35030, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向62345826 - 62348142 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131002534
GeneID131002534
locus_tag-
NCBI NameLOC131002534
原始查询SmilChr01G004424

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g35030, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g35030%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT2G35030 (AT2G35030)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818067]
identity=48.4; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0433101
-
identity=48.7; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131002534

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057784995.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057784995.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057784995.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057784995.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057784995.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:62346024 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 7 A10,B124,B21,B76,C24,C66,D2
Chr1:62346042 TAG T 2bp_deletion frameshift_variant 7 A10,B124,B21,B76,C24,C66,D2
Chr1:62346140 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr1:62346225 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 175 A1,A13,A14,A16,A2,A23,A24,A4,A7,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B105,B108,B11,B111,B112,B115,B117,B118,B119,B120,B123,B124,B129,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B17,B19,B2,B22,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B32,B34,B35,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B51,B52,B53,B54,B56,B58,B59,B6,B60,B61,B63,B64,B65,B66,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B73,B75,B78,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B87,B88,B9,B90,B92,B94,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C25,C27,C28,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C44,C45,C46,C47,C48,C5,C51,C53,C54,C55,C57,C59,C62,C63,C64,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C74,C77,C78,C79,C81,C82,C83,C84,C85,C87,D1,D10,D11,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr1:62346280 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:62346347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,B51,C53
Chr1:62346384 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B87
Chr1:62346384 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B87
Chr1:62346441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B110,B132,C46
Chr1:62346622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,B132,C46,D6
Chr1:62346839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:62346986 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057784995.1
611 aa
N
1
306
611
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
PPR
C
PF01535 PPR 94-118 aa PF12854 PPR_1 123-151 aa PF13041 PPR_2 124-156 aa PF01535 PPR 126-156 aa PF12854 PPR_1 154-183 aa PF13041 PPR_2 154-187 aa PF01535 PPR 157-187 aa PF01535 PPR 189-217 aa PF13041 PPR_2 216-249 aa PF12854 PPR_1 217-244 aa PF01535 PPR 219-248 aa PF13041 PPR_2 248-280 aa PF01535 PPR 250-280 aa PF13041 PPR_2 278-327 aa PF13812 PPR_3 279-327 aa PF01535 PPR 281-309 aa PF01535 PPR 355-381 aa PF13812 PPR_3 384-430 aa PF13041 PPR_2 384-431 aa PF01535 PPR 386-416 aa PF01535 PPR 421-449 aa PF01535 PPR 458-483 aa PF20431 E_motif 507-564 aa PF01535 PPR 525-554 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057784995.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 94 118 2.6e-100 322.6 PPR repeat
XP_057784995.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 123 151 4.7e-73 241.3 PPR repeat
XP_057784995.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 124 156 5.2e-97 318.5 PPR repeat family
XP_057784995.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 126 156 2.6e-100 322.6 PPR repeat
XP_057784995.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 154 183 4.7e-73 241.3 PPR repeat
XP_057784995.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 154 187 5.2e-97 318.5 PPR repeat family
XP_057784995.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 157 187 2.6e-100 322.6 PPR repeat
XP_057784995.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 189 217 2.6e-100 322.6 PPR repeat
XP_057784995.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 216 249 5.2e-97 318.5 PPR repeat family
XP_057784995.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 217 244 4.7e-73 241.3 PPR repeat
XP_057784995.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 219 248 2.6e-100 322.6 PPR repeat
XP_057784995.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 248 280 5.2e-97 318.5 PPR repeat family
XP_057784995.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 250 280 2.6e-100 322.6 PPR repeat
XP_057784995.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 278 327 5.2e-97 318.5 PPR repeat family
XP_057784995.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 279 327 2.8e-30 104.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057784995.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 281 309 2.6e-100 322.6 PPR repeat
XP_057784995.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 355 381 2.6e-100 322.6 PPR repeat
XP_057784995.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 384 430 2.8e-30 104.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057784995.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 384 431 5.2e-97 318.5 PPR repeat family
XP_057784995.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 386 416 2.6e-100 322.6 PPR repeat
XP_057784995.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 421 449 2.6e-100 322.6 PPR repeat
XP_057784995.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 458 483 2.6e-100 322.6 PPR repeat
XP_057784995.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 507 564 2.2e-15 57.3 E motif
XP_057784995.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 525 554 2.6e-100 322.6 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057929012.1
CTTTACTTTCTTTGTTCTTTTTGTCTTTTTTGAAAGGGGTTTTTATTTACTTTCTAAACCAGATGATTACGTATGCTATAATTCATTATAGCTCCACAGCCACGATGAAGTTCGTAACTGATTTTGTGGAGACACTACAATTTTCTAATTGAGTCAAAGCTGTAATTGAAAATGGAATCGTTTCGTTAATGGCCAATAGCAATAGCATCAACTGCTTACAGCATGAAAACACATAAAAAATCTCGTCTTGTTTCATCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131002534
ATGTATCGCCAAATTTCAACTATAACCGAGCTGCAGAAGTTTCTTCGATCATCAATCAATTTATGGGATGGAGTCAGTAGCATAAAATCTGCGCCTTTATTGAGATTGTATCACCCAATGATCGAAGCAGAAAAGGTGTCAAAGAGTACGATTCCCAGACGAGATTACTCACTCAAACAAGACGTAGCTAGGGCAAATTGTACGATCACACGATTATGCGAAGAGGGGAAAATTTGTGAAGCACGCCAAATTTTTGAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057784995.1
MYRQISTITELQKFLRSSINLWDGVSSIKSAPLLRLYHPMIEAEKVSKSTIPRRDYSLKQDVARANCTITRLCEEGKICEARQIFEVMPERDVISWTALISGYMKRGLVGEARELFNRVDAVRNDVTWTAMISGYLKTKRVAEAEKLFDEMPERNVVAWNTMIEGYVRIGEIDQALVLFERMRERNILSWNTVIAGLVSCGRVEEARGVFDRMPARNVVSWNILISGLSRNGRVDEARLLFDRMPERSVVSWNAMITGFM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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