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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004431

染色体: Chr01 坐标: 62415542-62417299 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004431
名称SmilChr01G004431
描述probable transcription factor At1g61730
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向62415542 - 62417299 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131002624
GeneID131002624
locus_tag-
NCBI NameLOC131002624
原始查询SmilChr01G004431

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable transcription factor At1g61730
产物probable transcription factor At1g61730
ArabidopsisAT1G61730 (AT1G61730)
DNA-binding storekeeper protein-related transcriptional regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842470]
identity=34.4; qcov=0.853; evalue=2.41e-38; confidence=low
RiceOs09g0451700
-
identity=43.3; qcov=0.277; evalue=8.31e-22; confidence=weak
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF04504 (GeBP-like_DBD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131002624

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057785071.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057785071.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057785071.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057785071.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057785071.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:62416627 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr1:62416651 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr1:62416654 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr1:62416731 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B18
Chr1:62416731 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B18
Chr1:62416817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057785071.1
375 aa
N
1
188
375
GeBP-like_DBD
C
PF04504 GeBP-like_DBD 160-254 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057785071.1 Pfam PF04504 GeBP-like_DBD Domain 160 254 1.5e-34 119.2 Glabrous-enhancer-binding protein-like family, DBD domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057929088.1
TATTTATCAAAAATAGGCTACGATCAAACAATGTAATAGAATATACTGCTTCACAAATACTAAACCTAACAAGCAAAGATGAAACACTATCTGATCTTTTCAAATCAAAATTTTGTGGCACAACTTTAACATCTTTACTATGCAGCATCGTATATTCTTAACGATAAGTGTAGCCCAAAACTACATATTGGGGCGGGCTTCTTTGCTCACAATGTAATGGGCTTATCATATAAGCCCAATGGAATGCCAAGCTGCATTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131002624
ATGCCGAAACATCGTGAGCCTGTTAAGCCGGTGGAGTCCCAATCGGATTCCGGCGAAGAAGAAGACGAGGAAGCTTCTTCTGAAGACGACTCACAAGAATCGGAGTCAGAAACCGAACAGACGCAGACAGCGACGCAAAAGAAACCCCAACCTCAGATGGCCGCCAAATCCCAGCAGCTCCCGCCACAGCAGGCTCCTTCTTCCTCCGAGGAAGATGACTCCGGATCTGAAACCGAGTCGGAGTCTGACGGACTAGATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057785071.1
MPKHREPVKPVESQSDSGEEEDEEASSEDDSQESESETEQTQTATQKKPQPQMAAKSQQLPPQQAPSSSEEDDSGSETESESDGLDSNAGPPASKPMEETQKSSNEARKARSKPNAPEPITPTKPAAEKRPAEGTATTKNTKRLRKTVEGDPSEKKSNLFQRLWSEDDEIVILKGMIDYTSKYKSDPIWDLNAFHDFIKKNLHIDVTRTQLQDKIRRLKKKYENNKSKEKEGKERTFSKPHEQNAYDLSKMIWGNESGKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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