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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004436

染色体: Chr01 坐标: 62453480-62462374 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004436
名称SmilChr01G004436
描述kinesin-like protein KIN-7O
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向62453480 - 62462374 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131002668
GeneID131002668
locus_tag-
NCBI NameLOC131002668
原始查询SmilChr01G004436

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein KIN-7O
产物kinesin-like protein KIN-7O
ArabidopsisAT3G10180 (AT3G10180)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820180]
identity=50.3; qcov=0.688; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0206700
-
identity=49.1; qcov=0.19; evalue=4.02e-60; confidence=weak
GOGO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGGsmil04814 (Motor proteins - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00225 (Kinesin); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131002668

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoskeleton 细胞骨架 1.00000 XP_057785125.1
2 Phragmoplast Phragmoplast 1.00000 XP_057785125.1
3 Spindle Spindle 1.00000 XP_057785131.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057785137.1
5 Spindle pole Spindle pole 0.60000 XP_057785128.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:62454543 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr1:62454581 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B60,C48
Chr1:62455035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B90,B91,B92,C57
Chr1:62456289 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C57
Chr1:62457024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:62457887 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:62458466 G GCA 2bp_insertion frameshift_variant 2 B67,C14
Chr1:62458466 G GCA 2bp_insertion CDS_variant 2 B67,C14
Chr1:62458795 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr1:62458840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,C59
Chr1:62458992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B3
Chr1:62460244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057785125.1
1208 aa
N
1
604
1208
Microtub_bd
Kinesin
C
PF16796 Microtub_bd 34-135 aa PF00225 Kinesin 34-325 aa
XP_057785128.1
1183 aa
N
1
592
1183
Microtub_bd
Kinesin
Kinesin
C
PF16796 Microtub_bd 34-135 aa PF00225 Kinesin 34-199 aa PF00225 Kinesin 198-300 aa
XP_057785131.1
1177 aa
N
1
588
1177
Microtub_bd
Kinesin
C
PF16796 Microtub_bd 34-135 aa PF00225 Kinesin 34-325 aa
XP_057785137.1
1125 aa
N
1
562
1125
Microtub_bd
Kinesin
C
PF16796 Microtub_bd 34-135 aa PF00225 Kinesin 34-210 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057785125.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 34 135 1.2e-20 74.7 Microtubule binding
XP_057785125.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 34 325 4.5e-107 358.5 Kinesin motor domain
XP_057785128.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 34 135 1.4e-20 74.5 Microtubule binding
XP_057785128.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 34 199 9.2e-98 327.9 Kinesin motor domain
XP_057785128.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 198 300 9.2e-98 327.9 Kinesin motor domain
XP_057785131.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 34 135 1.7e-20 74.2 Microtubule binding
XP_057785131.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 34 325 5e-107 358.4 Kinesin motor domain
XP_057785137.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 34 135 2.1e-20 73.9 Microtubule binding
XP_057785137.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 34 210 7.5e-62 209.9 Kinesin motor domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057929148.1
TTTCAACTCACACATATGTTTCACTAAACTTTTATTCACCAGCACAAGCGGAGGAGAGAGATGGAGAGGATACACGTCTCCGTCAGAGCTAGGCCTCTCTCCCTCGACGACGCCAAGGCCAGCCCTTGGCGCATTTCTGGGAACTCCATTTTCATACCCAACCAGCCCACCAAATTCGATTTCGATCAGATTTTTGGAGAAGATTGTACAACTCGAGACGTTTACGATGCTCGGACAAGGGATATAGTAGCTGCTGCAGT...
XM_057929142.1
TTCAACTCACACATATGTTTCACTAAACTTTTATTCACCAGCACAAGCGGAGGAGAGAGATGGAGAGGATACACGTCTCCGTCAGAGCTAGGCCTCTCTCCCTCGACGACGCCAAGGCCAGCCCTTGGCGCATTTCTGGGAACTCCATTTTCATACCCAACCAGCCCACCAAATTCGATTTCGATCAGATTTTTGGAGAAGATTGTACAACTCGAGACGTTTACGATGCTCGGACAAGGGATATAGTAGCTGCTGCAGTT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131002668
ATGGAGAGGATACACGTCTCCGTCAGAGCTAGGCCTCTCTCCCTCGACGACGCCAAGGCCAGCCCTTGGCGCATTTCTGGGAACTCCATTTTCATACCCAACCAGCCCACCAAATTCGATTTCGATCAGATTTTTGGAGAAGATTGTACAACTCGAGACGTTTACGATGCTCGGACAAGGGATATAGTAGCTGCTGCAGTTCAGGGTTTCAATGGGACTGTTTTTGCATATGGACAAACTAGTAGTGGAAAAACGCATAC...
LOC131002668
ATGGAGAGGATACACGTCTCCGTCAGAGCTAGGCCTCTCTCCCTCGACGACGCCAAGGCCAGCCCTTGGCGCATTTCTGGGAACTCCATTTTCATACCCAACCAGCCCACCAAATTCGATTTCGATCAGATTTTTGGAGAAGATTGTACAACTCGAGACGTTTACGATGCTCGGACAAGGGATATAGTAGCTGCTGCAGTTCAGGGTTTCAATGGGACTGTTTTTGCATATGGACAAACTAGTAGTGGAAAAACGCATAC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057785125.1
MERIHVSVRARPLSLDDAKASPWRISGNSIFIPNQPTKFDFDQIFGEDCTTRDVYDARTRDIVAAAVQGFNGTVFAYGQTSSGKTHTMRGSKSEPGVIPLAIRDLFNIIQQEMDREFLLRMSYLEIYNEEINDLLAPEHRKLQIHESIERGIFVAGLREEIVASAEQILELMEFGESHRHVGETNMNTYSSRSHTIFRMIIESRQKTDESVAELSCDAVRVSVLNLVDLAGSERAAKTGAEGVRLKEGSHINKSLMILGT...
XP_057785128.1
MERIHVSVRARPLSLDDAKASPWRISGNSIFIPNQPTKFDFDQIFGEDCTTRDVYDARTRDIVAAAVQGFNGTVFAYGQTSSGKTHTMRGSKSEPGVIPLAIRDLFNIIQQEMDREFLLRMSYLEIYNEEINDLLAPEHRKLQIHESIERGIFVAGLREEIVASAEQILELMEFGESHRHVGETNMNTYSSRSHTIFRMNLVDLAGSERAAKTGAEGVRLKEGSHINKSLMILGTVIKKLSEGAESQGGHVPYRDSKLTR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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