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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004459

染色体: Chr01 坐标: 62709692-62712192 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004459
名称SmilChr01G004459
描述F-box protein SKIP23-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向62709692 - 62712192 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131002914
GeneID131002914
locus_tag-
NCBI NameLOC131002914
原始查询SmilChr01G004459

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述F-box protein SKIP23-like
产物F-box protein SKIP23-like
ArabidopsisAT2G17030 (AT2G17030)
F-box SKIP23-like protein (DUF295) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816206]
identity=23.2; qcov=1.03; evalue=1.1e-15; confidence=weak
RiceOs03g0802100 (OsFbox176)
-
identity=22.9; qcov=1.13; evalue=5.58e-19; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF03478 (Beta-prop_KIB1-4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131002914

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057785390.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057785390.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057785390.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057785390.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057785390.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:62711233 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr1:62711692 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C27
Chr1:62711804 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057785390.1
393 aa
N
1
196
393
F-box
Beta-prop_KIB1-4
C
PF00646 F-box 26-59 aa PF03478 Beta-prop_KIB1-4 88-362 aa
XP_057785398.1
391 aa
N
1
196
391
F-box
Beta-prop_KIB1-4
C
PF00646 F-box 24-57 aa PF03478 Beta-prop_KIB1-4 86-360 aa
XP_057785401.1
371 aa
N
1
186
371
F-box
Beta-prop_KIB1-4
C
PF00646 F-box 4-37 aa PF03478 Beta-prop_KIB1-4 66-340 aa
XP_057785406.1
371 aa
N
1
186
371
F-box
Beta-prop_KIB1-4
C
PF00646 F-box 4-37 aa PF03478 Beta-prop_KIB1-4 66-340 aa
XP_057785411.1
371 aa
N
1
186
371
F-box
Beta-prop_KIB1-4
C
PF00646 F-box 4-37 aa PF03478 Beta-prop_KIB1-4 66-340 aa
XP_057785413.1
371 aa
N
1
186
371
F-box
Beta-prop_KIB1-4
C
PF00646 F-box 4-37 aa PF03478 Beta-prop_KIB1-4 66-340 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057785390.1 Pfam PF00646 F-box Domain 26 59 9.8e-06 26.0 F-box domain
XP_057785390.1 Pfam PF03478 Beta-prop_KIB1-4 Repeat 88 362 1.3e-44 153.3 KIB1-4 beta-propeller
XP_057785398.1 Pfam PF00646 F-box Domain 24 57 9.7e-06 26.0 F-box domain
XP_057785398.1 Pfam PF03478 Beta-prop_KIB1-4 Repeat 86 360 1.1e-44 153.5 KIB1-4 beta-propeller
XP_057785401.1 Pfam PF00646 F-box Domain 4 37 8.7e-06 26.2 F-box domain
XP_057785401.1 Pfam PF03478 Beta-prop_KIB1-4 Repeat 66 340 1.1e-44 153.5 KIB1-4 beta-propeller
XP_057785406.1 Pfam PF00646 F-box Domain 4 37 8.7e-06 26.2 F-box domain
XP_057785406.1 Pfam PF03478 Beta-prop_KIB1-4 Repeat 66 340 1.1e-44 153.5 KIB1-4 beta-propeller
XP_057785411.1 Pfam PF00646 F-box Domain 4 37 8.7e-06 26.2 F-box domain
XP_057785411.1 Pfam PF03478 Beta-prop_KIB1-4 Repeat 66 340 1.1e-44 153.5 KIB1-4 beta-propeller
XP_057785413.1 Pfam PF00646 F-box Domain 4 37 8.7e-06 26.2 F-box domain
XP_057785413.1 Pfam PF03478 Beta-prop_KIB1-4 Repeat 66 340 1.1e-44 153.5 KIB1-4 beta-propeller

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057929407.1
TATAAACCTAATATTGGGCCCTAAACTATTACATCTCCAACCTTCTTCAACTAACACGTCCGTCAACATATGTTATTTCCTCCTCACTCTCCAAGAATTCTCTACGCTGTTAACAATACTGTGGCAGGCTCAATAATGGCTGATTGGAGCAAACTACCATATGATATCGTTCACAAGGTTGCTACACATTTATCAGTGATTGAGGATTTCCTTGCATTTTCTGCTGTTTGTTGCTCGTGGCGATCAGTTTATTTGGCTAA...
XM_057929415.1
ATCTCCAACCTTCTTCAACTAACACGTCCGTCAACATATGTTATTTCCTCCTCACTCTCCAAGAATTCTCTACGCTGTTAACAATACTGGCTCAATAATGGCTGATTGGAGCAAACTACCATATGATATCGTTCACAAGGTTGCTACACATTTATCAGTGATTGAGGATTTCCTTGCATTTTCTGCTGTTTGTTGCTCGTGGCGATCAGTTTATTTGGCTAAGGAATGGAATCCAGGTCCTCAGGTTCCGGTATTAATGT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131002914
ATGTTATTTCCTCCTCACTCTCCAAGAATTCTCTACGCTGTTAACAATACTGTGGCAGGCTCAATAATGGCTGATTGGAGCAAACTACCATATGATATCGTTCACAAGGTTGCTACACATTTATCAGTGATTGAGGATTTCCTTGCATTTTCTGCTGTTTGTTGCTCGTGGCGATCAGTTTATTTGGCTAAGGAATGGAATCCAGGTCCTCAGGTTCCGGTATTAATGTTCTCCAATGATGACAACATTAACATTAGAAG...
LOC131002914
ATGTTATTTCCTCCTCACTCTCCAAGAATTCTCTACGCTGTTAACAATACTGGCTCAATAATGGCTGATTGGAGCAAACTACCATATGATATCGTTCACAAGGTTGCTACACATTTATCAGTGATTGAGGATTTCCTTGCATTTTCTGCTGTTTGTTGCTCGTGGCGATCAGTTTATTTGGCTAAGGAATGGAATCCAGGTCCTCAGGTTCCGGTATTAATGTTCTCCAATGATGACAACATTAACATTAGAAGTTTCTT...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057785390.1
MLFPPHSPRILYAVNNTVAGSIMADWSKLPYDIVHKVATHLSVIEDFLAFSAVCCSWRSVYLAKEWNPGPQVPVLMFSNDDNINIRSFLSLNRNKVSNSELPEARGRRCWGSSSGWLVTIGYDHEIRLLNPFTHVSYNLPPKSSLEISFGDFLSWYDIIERAFVFRNPRTSDANEDLMVMIIYGTMKQLALCRPGYSSWRCVKDKIHAEFIDVTCVKDQIFALSFMGVLVLIDIDSLAVTAISGQDPPRNVALSLITGGS...
XP_057785398.1
MLFPPHSPRILYAVNNTGSIMADWSKLPYDIVHKVATHLSVIEDFLAFSAVCCSWRSVYLAKEWNPGPQVPVLMFSNDDNINIRSFLSLNRNKVSNSELPEARGRRCWGSSSGWLVTIGYDHEIRLLNPFTHVSYNLPPKSSLEISFGDFLSWYDIIERAFVFRNPRTSDANEDLMVMIIYGTMKQLALCRPGYSSWRCVKDKIHAEFIDVTCVKDQIFALSFMGVLVLIDIDSLAVTAISGQDPPRNVALSLITGGSEQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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