Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004466

染色体: Chr01 坐标: 62754439-62755737 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004466
名称SmilChr01G004466
描述putative NAC domain-containing protein 94
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向62754439 - 62755737 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131003028
GeneID131003028
locus_tag-
NCBI NameLOC131003028
原始查询SmilChr01G004466

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative NAC domain-containing protein 94
产物putative NAC domain-containing protein 94
ArabidopsisAT5G53950 (CUC2)
NAC (No Apical Meristem) domain transcriptional regulator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835478]
identity=33.1; qcov=0.689; evalue=4.51e-17; confidence=low
RiceOs06g0344900 (OMTN5)
-
identity=33.1; qcov=0.646; evalue=2.5e-17; confidence=low
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF02365 (NAM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131003028

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057785481.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057785481.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057785481.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057785481.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057785481.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:62754555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:62754598 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79
Chr1:62754626 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr1:62755194 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr1:62755218 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr1:62755252 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C50
Chr1:62755252 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C50
Chr1:62755283 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B104,B64
Chr1:62755283 AG A 1bp_deletion CDS_variant 2 B104,B64
Chr1:62755303 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C5
Chr1:62755303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr1:62755306 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 23 A11,A18,A22,B105,B108,B131,B133,B138,B2,B22,B29,B41,B44,B50,B75,C12,C14,C23,C26,C30,C33,C59,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057785481.1
206 aa
N
1
103
206
NAM
C
PF02365 NAM 52-176 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057785481.1 Pfam PF02365 NAM Family 52 176 6e-29 101.7 No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057929498.1
TAGAGTAGTTACCTTACCTAATTGAAAGCGCATCACATTCACAATCAAATTGATTCTCAAGAATTATAATTAATGGCTTCGCAGCTGCCGTCATATTATCCATTCAACGAATTTACGCCGCCGCCGTCGTATCCGCCATTGGCCGCCGGCTCTCTCTGGGTCGAAGACTATCCGCCTTATGATCAATCGTTCGAGTTAGACGGCGGCGGCGGCGGCAATTATAATCCCGGGTTCAAGTTCCGGCCGACCGACGAGGAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131003028
ATGGCTTCGCAGCTGCCGTCATATTATCCATTCAACGAATTTACGCCGCCGCCGTCGTATCCGCCATTGGCCGCCGGCTCTCTCTGGGTCGAAGACTATCCGCCTTATGATCAATCGTTCGAGTTAGACGGCGGCGGCGGCGGCAATTATAATCCCGGGTTCAAGTTCCGGCCGACCGACGAGGAGCTGATCATCCACTACCTTCAGCCGGAGTTTCTTAATGCCTCTCTGCCGCAGACAAGGATCATCAATCATGCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057785481.1
MASQLPSYYPFNEFTPPPSYPPLAAGSLWVEDYPPYDQSFELDGGGGGNYNPGFKFRPTDEELIIHYLQPEFLNASLPQTRIINHADIYDYEPHQLSGLVNEDHGDGKMYFYTWIKKIGKSKTDRSIKSKKGNWKPTQAPKEIKGSISGSIIGYKTSFKYYEGKQKTQWLMQEYKLNTSHHSSRQLVLAVVYFHRQKSRDDNNDDC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器