Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004475`

染色体: Chr01 坐标: 62870220-62872210 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004475`
名称	SmilChr01G004475
描述	10 kDa chaperonin, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	62870220 - 62872210 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131003089`
GeneID	`131003089`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131003089`
原始查询	`SmilChr01G004475`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	10 kDa chaperonin, mitochondrial-like
产物	10 kDa chaperonin%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT1G14980` (CPN10) chaperonin 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838063] identity=73.2; qcov=1; evalue=1.57e-50; confidence=medium
Rice	`Os03g0366000` - identity=67.7; qcov=0.99; evalue=4.94e-42; confidence=medium
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0005759 (mitochondrial matrix); GO:0044183 (protein folding chaperone); GO:0046872 (metal ion binding); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051085 (GO:0051085); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding)
KEGG	-
Pfam	PF00166 (Cpn10)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131003089

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057785552.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057785552.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057785552.1`
4	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057785552.1`
5	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057785552.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:62870988`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C25,D5
`Chr1:62871053`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057785552.1

97 aa

Cpn10

PF00166 Cpn10 5-94 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057785552.1`	Pfam	`PF00166`	Cpn10	Domain	5	94	5.3e-25	88.0	Chaperonin 10 Kd subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057929569.1
GTGAAACAAAACAACAGGGGGTAATACAGTAATTTGAAATACCGGATTGAAAAGGGTTTTCCCATTTCTTAAACCCTTTGGCTAGCAGTTCCTCACCAAACTAAACCCTAGTTCCAGCTCTCTTCACTTGTCATTCTGCTTGCTCGATCTTCAGAAAGGCAAATGGCAAAGCGTTTGATCCCACTTTTCAACCGTGTTTTGATCGAGAAGATCACTCCGCCGACGAAAACCACCGCCGGTATTCTCCTTCCGGAGAAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131003089
ATGGCAAAGCGTTTGATCCCACTTTTCAACCGTGTTTTGATCGAGAAGATCACTCCGCCGACGAAAACCACCGCCGGTATTCTCCTTCCGGAGAAAACCGCCAAGTTGAGCTCTGGAAAAGTTGTTGCTGTTGGTCCTGGCAGCCATGACAGGGAAGGAAAGCTTATTGCTGTGAGCGTGAAGGAGGGCGATACTGTTTTGCTGCCTGAATATGGAGGCACTGTAGTAAAGCTTGGTGAAAAAGAGTACCATATTTACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057785552.1
MAKRLIPLFNRVLIEKITPPTKTTAGILLPEKTAKLSSGKVVAVGPGSHDREGKLIAVSVKEGDTVLLPEYGGTVVKLGEKEYHIYRDEDILGTLHD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器