Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004482`

染色体: Chr01 坐标: 62949488-62953834 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004482`
名称	SmilChr01G004482
描述	stomatal closure-related actin-binding protein 2
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	62949488 - 62953834 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131003311`
GeneID	`131003311`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131003311`
原始查询	`SmilChr01G004482`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	stomatal closure-related actin-binding protein 2
产物	stomatal closure-related actin-binding protein 2
Arabidopsis	`AT2G26770` (SCAB1) plectin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817218] identity=60.7; qcov=0.886; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0805700` - identity=54.3; qcov=0.891; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003779 (actin binding); GO:0007015 (actin filament organization); GO:0010119 (regulation of stomatal movement)
KEGG	-
Pfam	PF16709 (SCAB-Ig); PF16711 (SCAB-ABD); PF16712 (SCAB_CC); PF17684 (SCAB-PH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131003311

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	0.60000	`XP_057785809.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.60000	`XP_057785809.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057785809.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057785809.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057785809.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:62950051`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B137
`Chr1:62951430`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,B42,B43,C49,C85
`Chr1:62951942`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,D11
`Chr1:62952099`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,D2
`Chr1:62952522`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057785809.1

552 aa

276

552

SCAB-ABD

SCAB_CC

SCAB-Ig

SCAB-PH

PF16711 SCAB-ABD 114-156 aa PF16712 SCAB_CC 160-327 aa PF16709 SCAB-Ig 341-438 aa PF17684 SCAB-PH 442-548 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057785809.1`	Pfam	`PF16711`	SCAB-ABD	Domain	114	156	7.2e-23	80.9	Actin-binding domain of plant-specific actin-binding protein
`XP_057785809.1`	Pfam	`PF16712`	SCAB_CC	Family	160	327	1.9e-68	230.2	Coiled-coil regions of plant-specific actin-binding protein
`XP_057785809.1`	Pfam	`PF16709`	SCAB-Ig	Domain	341	438	6.9e-40	135.8	Ig domain of plant-specific actin-binding protein
`XP_057785809.1`	Pfam	`PF17684`	SCAB-PH	Domain	442	548	6.9e-55	184.6	PH domain of plant-specific actin-binding protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057929826.1
TCAATACCTTGATCTTGCACATTTTTCTTCATTTCTATGCTCTTCTTCCAGCTTAAGTGTAGCAAGTTTTCAAAGATCATTTTTTTTTAAAACTTTCTGTTTTCTGTCGCTGGATGTTGTTGTTGTGATTTGCAGGGAATGTATCTTTTATTATTTTTCTTGTTTTATTGTATAATTTATGAAAATGTGTATGTTTACATTTATCACGGCATGCATCTAGTAATTATAAAGCAAAATAGTGAAATAACTTTTGAATCTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131003311
ATGCTTTCTGGAAGAAGTAAAATCTCTGTTCATGTTAATTTCTCACTCTGTTTTTTCTCTTTTGCTGCATTAATTATGAGTATGACATCCTGTTGTCTTTATTTCAAAGCTCTAACTCTTGTTTTAAGCTGCGTTCAAGGCCTATTTTTCACTGCTATCATGATAAGGGATAGAATTGGGGCAATGACGAGGGTGAGTCCGGATTTTGGAGATGAGGTTCAGGCAGTTTGGACGGTGTCAGCAGATGTGAGCTTTCAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057785809.1
MLSGRSKISVHVNFSLCFFSFAALIMSMTSCCLYFKALTLVLSCVQGLFFTAIMIRDRIGAMTRVSPDFGDEVQAVWTVSADVSFQTNQFPKYKLGPNNEILEEVKEDSKGPPLKEVVVQEISQLTEQHKRLSVRDLASKFDKNLAAAAKMSEEAKLKEVASLDGHVLLKKLRDALECLKGRLAGRNKEDVEKAISMVEALAVQLTQKEGELIQEKFEVKKLVNFLKQASEDAKKLVNQEKSFGCAEIESARAVVQRIGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器