当前解析结果
SmilChr01G004488| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004488 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004488 |
| 描述 | protein NRT1/ PTR FAMILY 3.1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 63011336 - 63014466 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131003290 |
|---|---|
| GeneID | 131003290 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131003290 |
| 原始查询 | SmilChr01G004488 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein NRT1/ PTR FAMILY 3.1-like |
| 产物 | protein NRT1/ PTR FAMILY 3.1-like |
| Arabidopsis | AT1G68570 (AT1G68570)Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843186] identity=55.7; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0410500- identity=56.3; qcov=0.915; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00854 (PTR2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131003290 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057785781.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057785781.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057785781.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057785781.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057785781.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:63012364 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B114,B30 |
Chr1:63012364 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B114,B30 |
Chr1:63013752 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C40,D7 |
Chr1:63014023 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B125,B13,B90,B92 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057785781.1PF00854
PTR2 102-532 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057785781.1 |
Pfam | PF00854 |
PTR2 | Family | 102 | 532 | 1.1e-96 | 324.8 | POT family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。