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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004488

染色体: Chr01 坐标: 63011336-63014466 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004488
名称SmilChr01G004488
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 3.1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向63011336 - 63014466 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131003290
GeneID131003290
locus_tag-
NCBI NameLOC131003290
原始查询SmilChr01G004488

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NRT1/ PTR FAMILY 3.1-like
产物protein NRT1/ PTR FAMILY 3.1-like
ArabidopsisAT1G68570 (AT1G68570)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843186]
identity=55.7; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0410500
-
identity=56.3; qcov=0.915; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00854 (PTR2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131003290

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057785781.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057785781.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057785781.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057785781.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057785781.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:63012364 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B114,B30
Chr1:63012364 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B30
Chr1:63013752 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C40,D7
Chr1:63014023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B13,B90,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057785781.1
603 aa
N
1
302
603
PTR2
C
PF00854 PTR2 102-532 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057785781.1 Pfam PF00854 PTR2 Family 102 532 1.1e-96 324.8 POT family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057929798.1
AGCAAACATCACCACCTTATGTTTTCTCACTACATTTATTGATAAATTCATGTAAAGACAAACCTTAGCATGAGAGATTGTACATATTTTATGAGAGCTAGGCTTATCACAAGCCCAACAGCTTTTCAGCTCAGAGTTGATAAAGATGGAGAAGTTTGAGGTAGAGAAGAAGAGCGTGCACGAAAACGAAGAGCTCGAAACGAAACAAGATGTCAATGGCAAGAAGAAGAAGCAGCTCGGAGGCGTTAGAACAATGCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131003290
ATGGAGAAGTTTGAGGTAGAGAAGAAGAGCGTGCACGAAAACGAAGAGCTCGAAACGAAACAAGATGTCAATGGCAAGAAGAAGAAGCAGCTCGGAGGCGTTAGAACAATGCCATTCATCCTAGCAAATGAGATATGTGACAAATTTGCTGGTGCTGGCTTTCATGCCAACATGATCACATACCTAACTCAGGTGCTCAACCTGCCCCTTGTGAAGGCCTCCAACACCCTCACCAACTTCGGTGGCACGTCGAGCTTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057785781.1
MEKFEVEKKSVHENEELETKQDVNGKKKKQLGGVRTMPFILANEICDKFAGAGFHANMITYLTQVLNLPLVKASNTLTNFGGTSSFTPLVGAFIADSFAGRFWTIIIGSIIYLLGMIAITVSAVMPQLRPPPCPSQEKCEEASNAQLSILYLALLLTSLGTGGIRPCVMTFAADQLDMSKQKTESRSWNFFNWYYFCMATASLLAATVIVYIQDNISWGWGLGIPTAAMAISLIAFLLGSSMYKKIKPEGSPYVRVVQVI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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