Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004507`

染色体: Chr01 坐标: 63168607-63170690 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004507`
名称	SmilChr01G004507
描述	probable serine/threonine-protein kinase PBL23
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	63168607 - 63170690 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011344`
GeneID	`131011344`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011344`
原始查询	`SmilChr01G004507`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable serine/threonine-protein kinase PBL23
产物	probable serine/threonine-protein kinase PBL23
Arabidopsis	`AT1G55200` (AT1G55200) kinase with adenine nucleotide alpha hydrolases-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841963] identity=38.6; qcov=0.945; evalue=7.41e-59; confidence=medium
Rice	`Os01g0602800` (OsRLCK42) - identity=40.3; qcov=0.936; evalue=7.84e-62; confidence=medium
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011344

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057795118.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057795118.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795118.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795118.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795118.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:63168609`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B46,B77
`Chr1:63168751`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B91,C26,C57
`Chr1:63168855`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B91,C26,C57,C84
`Chr1:63169982`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795118.1

329 aa

164

329

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 67-310 aa PF00069 Pkinase 81-308 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795118.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	67	310	1.7e-28	100.4	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057795118.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	81	308	2e-27	96.9	Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939135.1
ATGAATGATTGTAATGGAGGTGCAGGGGAAGAGTGGGAAAGCAGCAAGTTGGTGTGCACATTATGCAGAGACACAAGGGAATGGCATAGAGCTAAGAAGAGATTCAGTTATGCTGAGCTGCAGATTGCAACAAACGGCTTCTGCCCTCAGAACTCGATGTCTGATCATGGAAGCAAAGCCTACGTGGGTTTGTTGAACGATCAGAGGAAGATTCTCATCAGGGAGACCCCTTCAGTAGCAATGAGAGAGGATGATTTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011344
ATGAATGATTGTAATGGAGGTGCAGGGGAAGAGTGGGAAAGCAGCAAGTTGGTGTGCACATTATGCAGAGACACAAGGGAATGGCATAGAGCTAAGAAGAGATTCAGTTATGCTGAGCTGCAGATTGCAACAAACGGCTTCTGCCCTCAGAACTCGATGTCTGATCATGGAAGCAAAGCCTACGTGGGTTTGTTGAACGATCAGAGGAAGATTCTCATCAGGGAGACCCCTTCAGTAGCAATGAGAGAGGATGATTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795118.1
MNDCNGGAGEEWESSKLVCTLCRDTREWHRAKKRFSYAELQIATNGFCPQNSMSDHGSKAYVGLLNDQRKILIRETPSVAMREDDFEREVGMLEGVRHPNVALLLGFCSEGSNRFLVYEYVCNASLNTHLSDRNEKLSWEIRINIAYGAAKGLEYLHEQGIYGSMRPSNILVTHDFQPMVSYYGVRNEYEALGEWSGQLPKRSAMKTFEHLAPEYGETGKEASKADVFSFGVVLLELITGRKTVQDTHGLSFLRWARPLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器