Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004519`

染色体: Chr01 坐标: 63312961-63315870 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004519`
名称	SmilChr01G004519
描述	probable protein S-acyltransferase 4
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	63312961 - 63315870 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131003654`
GeneID	`131003654`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131003654`
原始查询	`SmilChr01G004519`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable protein S-acyltransferase 4
产物	probable protein S-acyltransferase 4
Arabidopsis	`AT3G56930` (AT3G56930) DHHC-type zinc finger family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824860] identity=64.9; qcov=0.908; evalue=2.4e-173; confidence=high
Rice	`Os11g0133800` - identity=52.9; qcov=0.96; evalue=8.38e-144; confidence=high
GO	GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0006612 (protein targeting to membrane); GO:0018230 (peptidyl-L-cysteine S-palmitoylation); GO:0019706 (protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01529 (DHHC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131003654

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole membrane	液泡膜	0.80000	`XP_057786183.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057786183.1`
3	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057786183.1`
4	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.20000	`XP_057786183.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057786183.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:63314456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B22,B41,C6,C70
`Chr1:63314457`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B26,C40,C61
`Chr1:63314566`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr1:63314676`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63
`Chr1:63314882`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr1:63314891`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr1:63314945`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr1:63314999`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr1:63315020`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B22,B41,B87,C6,C70
`Chr1:63315297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr1:63315510`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,B26
`Chr1:63315564`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057786183.1

402 aa

201

402

DHHC

PF01529 DHHC 147-268 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057786183.1`	Pfam	`PF01529`	DHHC	Family	147	268	5.3e-36	124.3	DHHC palmitoyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057930200.1
AGCACAGATTTCAAAATTTTCGAAATAAACTAACAGAAGCAGATGCGAGGAGACGAACAAACATTCGGCCTAAGAAAATCCGTCTTGAGAGGGCGATGGCAGCTGTTCCTTGACCACCCACCCCATTTCCAACATTTCCTACTTCTCTCTCTCTCACAGCCAAACCCCATATAACAATTCTTGAAATCCAAACCCTCCACTCATAAAACTCTGTAATTAATGCATGTTCGTGCATGCAACAATTAATCAGCAACGGTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131003654
ATGGACCTGGGAAAACCCGAAACTAGGAGGCTTTATCAAGTTTGGAGAGGGAGTAATAGGTTCTTCTTTGGAGGAAGATTGATATTTGGCCCAGATGTGGCTTCTTTGTATTTATCCACATTCTTGATTGCAAGTCCAGCTGTTGCATTTTGTATAAAGATATTTCTCATCTCTAGGCATCGGCTCAAAGAAAATCAAAATGTCGTTCCTTGCTATGCTGTGCTTGTCGTGGCTATAGTGCTAACCATTTTGGATATATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057786183.1
MDLGKPETRRLYQVWRGSNRFFFGGRLIFGPDVASLYLSTFLIASPAVAFCIKIFLISRHRLKENQNVVPCYAVLVVAIVLTILDIFFLFLASSRDPGIVPRNKKPPECDETIEMNTPSMEWVNGRTPHLRLPRTKDVTVNGHTVKVKFCDTCLLYRPPRASHCSICNNCVQRFDHHCPWVGQCIGVRNYRFFYMFISTSTLLCAYIFVVSWCNIVTRKGTVWKAMTSDYLSDILILYCFVTFWFVGGLTVFHFYLISTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器