Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004548`

染色体: Chr01 坐标: 63605638-63608087 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004548`
名称	SmilChr01G004548
描述	uncharacterized SmilChr01G004548
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	63605638 - 63608087 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131003791`
GeneID	`131003791`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131003791`
原始查询	`SmilChr01G004548`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os07g0222900; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os07g0222900; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os07g0222900` - identity=54.5; qcov=0.251; evalue=3.37e-16; confidence=weak
GO	GO:0016829 (lyase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01081 (Aldolase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131003791

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057786330.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057786330.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057786330.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057786330.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057786330.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:63605909`	`GAC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	76	A10,A15,A18,A2,A20,A21,A3,A4,B105,B106,B108,B110,B113,B126,B13,B130,B135,B139,B14,B140,B16,B17,B25,B43,B48,B50,B54,B61,B63,B65,B67,B7,B70,B72,B75,B76,B78,B79,B83,B87,B88,B9,B90,B92,B96,B99,C10,C11,C15,C17,C18,C21,C22,C24,C32,C34,C39,C40,C41,C54,C55,C60,C68,C69,C70,C77,C78,C8,C80,C84,C85,D10,D3,D5,D6,D8
`Chr1:63605996`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr1:63606026`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,D11
`Chr1:63606333`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C79
`Chr1:63607078`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C2,C68
`Chr1:63607677`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B136,B30,C4,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057786330.1

278 aa

139

278

Aldolase

PF01081 Aldolase 55-240 aa

XP_057786337.1

277 aa

138

277

Aldolase

PF01081 Aldolase 55-239 aa

XP_057786344.1

264 aa

132

264

Aldolase

PF01081 Aldolase 55-240 aa

XP_057786351.1

263 aa

132

263

Aldolase

PF01081 Aldolase 55-239 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057786330.1`	Pfam	`PF01081`	Aldolase	Domain	55	240	4.4e-31	108.6	KDPG and KHG aldolase
`XP_057786337.1`	Pfam	`PF01081`	Aldolase	Domain	55	239	4.2e-32	111.9	KDPG and KHG aldolase
`XP_057786344.1`	Pfam	`PF01081`	Aldolase	Domain	55	240	3.7e-31	108.8	KDPG and KHG aldolase
`XP_057786351.1`	Pfam	`PF01081`	Aldolase	Domain	55	239	3.6e-32	112.1	KDPG and KHG aldolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057930368.1
ATAGGTTCATTTCTTTTGAGTGCGAAAATTAAAAAAATTATTTTTAGGAGAAAAGTGGTGTGGTCCACCGTCCACACTAATTAAGTACATTTGTTTTACTAAAAAAAATGAGCTTATTCTAATGGGACGTCTCAAAAAAGAAAACGAGCCTATTAGAGTGACGGAGGAGTAGTATTTTTTTTTGAAACGAAATCGAAAATTATAGAAAAACATTATTATATCCATAAAATAACATTATCTGAATAATTTCCAAAAGTAAA...

XM_057930354.1
ATAGGTTCATTTCTTTTGAGTGCGAAAATTAAAAAAATTATTTTTAGGAGAAAAGTGGTGTGGTCCACCGTCCACACTAATTAAGTACATTTGTTTTACTAAAAAAAATGAGCTTATTCTAATGGGACGTCTCAAAAAAGAAAACGAGCCTATTAGAGTGACGGAGGAGTAGTATTTTTTTTTGAAACGAAATCGAAAATTATAGAAAAACATTATTATATCCATAAAATAACATTATCTGAATAATTTCCAAAAGTAAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131003791
ATGATGATTGTTCCAAACAACATAGGAATTGTTTCGTGGAGGATAAAGCCCTTGATTTGGAGAGTTTCTTGCTGCAACTCTCACTTCCGCTGTAAGAATTCCCACAATAACTCCGTCTCTCTTTATCCCACCAGCGTTGCTGACAGAGTGTTGATGGATATTCAAAATTCCGGCATTATTGCTTGCCTTCGCGCCAAAAGTGCAGAGTTAGCAGTGGAAGCTGCGCGTGCAGCACTCAGAGGTGGAGTTTCCGTTTTGGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057786330.1
MMIVPNNIGIVSWRIKPLIWRVSCCNSHFRCKNSHNNSVSLYPTSVADRVLMDIQNSGIIACLRAKSAELAVEAARAALRGGVSVLEITMSTPGVFEALQCLVQEYPSASIGVGTVLDRRDAKEAVDLGAKFLMSPAMVKQGILNDVAEGQALYIPGAATPTEILSASNGGAKIIKVYPVSALGGVEYLAAVKKPFPHIPLVASQGMKLDSVGVYIGHGASAVVISDAIFDKKAMAERNFLLIYHLACCAATKGTQAVRS...

XP_057786337.1
MMIVPNNIGIVSWRIKPLIWRVSCCNSHFRCKNSHNNSVSLYPTSVADRVLMDIQNSGIIACLRAKSAELAVEAARAALRGGVSVLEITMSTPGVFEALQCLVQEYPSASIGVGTVLDRRDAKEAVDLGAKFLMSPAMVKGILNDVAEGQALYIPGAATPTEILSASNGGAKIIKVYPVSALGGVEYLAAVKKPFPHIPLVASQGMKLDSVGVYIGHGASAVVISDAIFDKKAMAERNFLLIYHLACCAATKGTQAVRSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器