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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004552

染色体: Chr01 坐标: 63627041-63631108 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004552
名称SmilChr01G004552
描述ABSCISIC ACID-INSENSITIVE 5-like protein 2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向63627041 - 63631108 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131004085
GeneID131004085
locus_tag-
NCBI NameLOC131004085
原始查询SmilChr01G004552

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABSCISIC ACID-INSENSITIVE 5-like protein 2
产物ABSCISIC ACID-INSENSITIVE 5-like protein 2
ArabidopsisAT3G56850 (AREB3)
ABA-responsive element binding protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824852]
identity=56.3; qcov=0.926; evalue=7.19e-94; confidence=high
RiceOs05g0489700 (HBF1)
-
identity=53.4; qcov=0.926; evalue=7.74e-88; confidence=high
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0045893 (positive regulation of DNA-templated transcription)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131004085

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057786668.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057786668.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057786668.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057786668.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057786668.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:63629780 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B30
Chr1:63629858 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,B33,D4
Chr1:63630127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C23,C48,C51
Chr1:63630153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B2,B50,B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057786668.1
336 aa
N
1
168
336
bZIP_2
bZIP_1
C
PF07716 bZIP_2 262-313 aa PF00170 bZIP_1 266-311 aa
XP_057786674.1
336 aa
N
1
168
336
bZIP_2
bZIP_1
C
PF07716 bZIP_2 262-313 aa PF00170 bZIP_1 266-311 aa
XP_057786683.1
336 aa
N
1
168
336
bZIP_2
bZIP_1
C
PF07716 bZIP_2 262-313 aa PF00170 bZIP_1 266-311 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057786668.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 262 313 2.5e-10 41.0 Basic region leucine zipper
XP_057786668.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 266 311 2.2e-13 50.8 bZIP transcription factor
XP_057786674.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 262 313 2.5e-10 41.0 Basic region leucine zipper
XP_057786674.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 266 311 2.2e-13 50.8 bZIP transcription factor
XP_057786683.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 262 313 2.5e-10 41.0 Basic region leucine zipper
XP_057786683.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 266 311 2.2e-13 50.8 bZIP transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057930685.1
CTTAATTACGGAAGGGTACGTTTAGATGAATTTTTTAATTAGTAAAGATTTTTCGTTGCTGCAATTCGATCTTATTCACTCTCCTTTTCCATCATTTCACCAAAGAAGTAAAACAAGTCTCGAAATCAGGCACAAGTACCGCGTGGTTTCTGGGTTTTCCTTGGAGCTGGTTTGGACAATTTTGGCTGCATGGATACTGAAATCTCACTGAAAGAATCTCTTGCTTTTGGGGGTTCTCGTATTTCTCCTGATTGAATGAT...
XM_057930700.1
TTAATTTCTCCAAAACTATTTGATACCAAACACATTAATATTATTAAATATCTTATTTCTCCAATATTTTTATATTCTTGGTGATTGATAATTAAGAATTTTATAGTGTAGAGAAGGAACAGAATCGTGGTTTCTGGGTTTTCCTTGGAGCTGGTTTGGACAATTTTGGCTGCATGGATACTGAAATCTCACTGAAAGAATCTCTTGCTTTTGGGGGTTCTCGTATTTCTCCTGATTGAATGATGCATTTCATGCATAGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131004085
ATGGTAGCTCAGAAAATGGGATCTCATGGGGGTGGCAGTAATAACACTGGGTTGAGCCAAGCCCAACCCCAATCCCAAATTCAGAGTCATGACCCGAACCAGTTGGCTCGGCAAGGATCATTGTATAGCCTCACCCTTGATGAGGTGCAGAACCAGTTGGGTGACCTTGGGAAGCCCCTTAGTAGTATGAATCTTGATGAGCTTCTCAAGACTTTATGGACTGCTGAGGCTAATAATCAGACTGGGGAAGGTGTTGACGG...
LOC131004085
ATGGTAGCTCAGAAAATGGGATCTCATGGGGGTGGCAGTAATAACACTGGGTTGAGCCAAGCCCAACCCCAATCCCAAATTCAGAGTCATGACCCGAACCAGTTGGCTCGGCAAGGATCATTGTATAGCCTCACCCTTGATGAGGTGCAGAACCAGTTGGGTGACCTTGGGAAGCCCCTTAGTAGTATGAATCTTGATGAGCTTCTCAAGACTTTATGGACTGCTGAGGCTAATAATCAGACTGGGGAAGGTGTTGACGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057786668.1
MVAQKMGSHGGGSNNTGLSQAQPQSQIQSHDPNQLARQGSLYSLTLDEVQNQLGDLGKPLSSMNLDELLKTLWTAEANNQTGEGVDGVTNVQLPGQSAPGLSLNQQSNLMLSMDLSKKTVDEVWQDIQQGQKRSSLDRKTTLGEMTLEDFLVKAGVVSESAGGNKVLGSVADGGADPTGMPHHAQWLNYQMSSIHPQQQQQGMLPAFMPSHPVQQPITLGGNSIMDAAYPEMTMCSSPLMGTLSDTQTPGRKRVAPDDIA...
XP_057786674.1
MVAQKMGSHGGGSNNTGLSQAQPQSQIQSHDPNQLARQGSLYSLTLDEVQNQLGDLGKPLSSMNLDELLKTLWTAEANNQTGEGVDGVTNVQLPGQSAPGLSLNQQSNLMLSMDLSKKTVDEVWQDIQQGQKRSSLDRKTTLGEMTLEDFLVKAGVVSESAGGNKVLGSVADGGADPTGMPHHAQWLNYQMSSIHPQQQQQGMLPAFMPSHPVQQPITLGGNSIMDAAYPEMTMCSSPLMGTLSDTQTPGRKRVAPDDIA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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