Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004557`

染色体: Chr01 坐标: 63665319-63667305 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004557`
名称	SmilChr01G004557
描述	protein PHYTOCHROME KINASE SUBSTRATE 4-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	63665319 - 63667305 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131004127`
GeneID	`131004127`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131004127`
原始查询	`SmilChr01G004557`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein PHYTOCHROME KINASE SUBSTRATE 4-like
产物	protein PHYTOCHROME KINASE SUBSTRATE 4-like
Arabidopsis	`AT5G04190` (PKS4) phytochrome kinase substrate 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830297] identity=35.5; qcov=0.934; evalue=4.45e-37; confidence=medium
Rice	`Os01g0264600` - identity=28.4; qcov=1.01; evalue=3.54e-20; confidence=low
GO	GO:0009638 (phototropism)
KEGG	-
Pfam	PF30823 (PKS)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131004127

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057786724.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057786724.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057786724.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057786724.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057786724.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:63665643`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,B17
`Chr1:63665648`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B137
`Chr1:63665648`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B137
`Chr1:63665658`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B101,B26,B30,C8
`Chr1:63665674`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B137,B87
`Chr1:63665680`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B1,C66
`Chr1:63665749`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	A19,B137,B87
`Chr1:63665749`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	3	A19,B137,B87
`Chr1:63665832`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:63665853`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B97
`Chr1:63665868`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr1:63665883`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B125,B21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057786724.1

486 aa

243

486

PKS

PF30823 PKS 46-448 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057786724.1`	Pfam	`PF30823`	PKS	Family	46	448	5.9e-45	154.8	Phytochrome kinase substrate protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057930741.1
GCCCTTTTCTATTAATGTTTGTTTGCAATTAAGTATATTTATTGCACTAACTGTTTTCTTATCAAAAAATATATGTTCTGATCTCAGCTGAAATTAATGAGATTGTTTTTATTAAAATTATATAAAAAAATAAGACAATGATTTGAACATGAGATCTAAGAAATACGACTTAGACGAGCTAAGGGGGCGGATGCCTATATCTACTTATACACATGATTGAGCTTATAGTATTTGAGTTGAGACACACATATTTTCTCATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131004127
ATGGATCCAGCATCAATGGTCAAAAGTTTCAAGTACAGCTCCACACAGCAGCAGCAGCCCATGTTTGGTGTCTTGGAAGCTCCTCTTCATTACAGATCCTCTTCATCCCCACACAACAACGCCACCTCTTTCCAAGATGCATCTTTCTCCTCGTACCTCAAATCCAACGATCACAAATCCCAACAAAAGATCCTTGCCGCCGTCGACGACACGGAGATAAGCATCTTCGACGCGCAGAAGTATTTCAGCGAGAATTCAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057786724.1
MDPASMVKSFKYSSTQQQQPMFGVLEAPLHYRSSSSPHNNATSFQDASFSSYLKSNDHKSQQKILAAVDDTEISIFDAQKYFSENSDPKEMIKKQPMPHDTLSSVPRLSSVSSTDGYGGRNFRTRSFHATPTASSEASWNSQTGLLQNPPGAVGVSLRNFASDGGKRRSSAAARKWSFGRKCCCTGKKSVEVKDAATSDSEHGAAKRDAYNCKSKQSSRSCSIASEILEINQQKSFPSPDPAPRQQRISASGRAFVDGFS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器