当前解析结果
SmilChr01G004561| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004561 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004561 |
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 45-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 63684643 - 63685569 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131004217 |
|---|---|
| GeneID | 131004217 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131004217 |
| 原始查询 | SmilChr01G004561 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 45-like |
| 产物 | heavy metal-associated isoprenylated plant protein 45-like |
| Arabidopsis | AT3G56891 (AT3G56891)Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:6240272] identity=44; qcov=1.07; evalue=4.87e-42; confidence=medium |
| Rice | Os03g0120400- identity=48.9; qcov=0.939; evalue=1.12e-38; confidence=medium |
| GO | GO:0046872 (metal ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00403 (HMA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131004217 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057786832.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057786832.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057786832.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057786832.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057786832.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:63684742 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,B102 |
Chr1:63685180 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057786832.1PF00403
HMA 21-77 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057786832.1 |
Pfam | PF00403 |
HMA | Domain | 21 | 77 | 1.6e-16 | 61.1 | Heavy-metal-associated domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。