Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004562

染色体: Chr01 坐标: 63701888-63703925 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004562
名称SmilChr01G004562
描述transcription factor CSA-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向63701888 - 63703925 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131004222
GeneID131004222
locus_tag-
NCBI NameLOC131004222
原始查询SmilChr01G004562

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor CSA-like
产物transcription factor CSA-like
ArabidopsisAT5G17800 (MYB56)
myb domain protein 56 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831648]
identity=47.3; qcov=1.05; evalue=8.5e-72; confidence=high
RiceOs01g0274800 (CSA)
-
identity=64; qcov=0.633; evalue=6.91e-74; confidence=high
GOGO:0000978 (RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding); GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131004222

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057786845.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057786845.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057786845.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057786845.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057786845.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:63702461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B6,B99,C31,C39
Chr1:63702515 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B99
Chr1:63702515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr1:63702522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B99
Chr1:63702600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B46,C28,C49
Chr1:63702602 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 19 A15,A7,B105,B131,B139,B14,B4,B66,B7,B8,B86,B87,C10,C11,C13,C2,C57,C72,C87
Chr1:63702613 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr1:63702616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B31,B82
Chr1:63702658 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A7,B130,C71
Chr1:63702658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B130,C71
Chr1:63702665 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 A7,B130,B31,B82,C71
Chr1:63702665 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B130,B31,B82,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057786845.1
300 aa
N
1
150
300
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 73-119 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 76-136 aa PF00249 Myb_DNA-binding 125-167 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 128-169 aa
XP_057786854.1
281 aa
N
1
140
281
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 54-100 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 57-117 aa PF00249 Myb_DNA-binding 106-148 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 109-150 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057786845.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 73 119 2e-32 111.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057786845.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 76 136 1.2e-24 86.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057786845.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 125 167 2e-32 111.8 Myb-like DNA-binding domain
XP_057786845.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 128 169 1.2e-24 86.9 Myb-like DNA-binding domain
XP_057786854.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 54 100 1.6e-32 112.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057786854.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 57 117 9.3e-25 87.3 Myb-like DNA-binding domain
XP_057786854.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 106 148 1.6e-32 112.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057786854.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 109 150 9.3e-25 87.3 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057930871.1
GAGCAGTTACACACCCCGAGTCCAACAGTGTGTTGAATGGGGTTTCCCACCATCACCACCCACACGAGCGGTTCTCGATTTGCATGCACACACGCACCACACACACACACACGCACATATAGATACAATCACTATATATATACGGAGAGAGATAGAGGAGAGAGGGAGGGGTACAAGATTTGGATGGTTGCGGAGGCTTCGAGTTTTTATGTGTGTCTAGTTTGCTACTGGTCTCAAAGAGAAAATATTTCTGTAACCTG...
XM_057930862.1
CCCCGAGTCCAACAGTGTGTTGAATGGGGTTTCCCACCATCACCACCCACACGAGCGGTTCTCGATTTGCATGCACACACGCACCACACACACACACACGCACATATAGATACAATCACTATATATATACGGAGAGAGATAGAGGAGAGAGGGAGGGGTACAAGATTTGGATGGTTGCGGAGGCTTCGAGTTTTTATGTGTGTCTAGTTTGCTACTGGTCTCAAAGAGAAAATATTTCTGTGTGAGTTTTCATGTTTCTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131004222
ATGAATCTACAGAACCTGATAAACAGTTGCGGCAGTACAAGGAAAGCACCAAGCTCGATGCAGGATTTGACGTTTCTACCCCCGCACCTCCCTAGTGCTCCATCAATGGAGCAGAAGATCAACCTCAGAAATCCATGGCAAATCGACGAAGCGAAGAAGCTGAAAAGCGAAGGTCACGAATTCGAAGAAATCGGGAGAAAATCGAAGCTTTGCGCGAGAGGCCATTGGAGGCCACACGAGGACGCTAGGCTGAAAGAGCT...
LOC131004222
ATGCAGGATTTGACGTTTCTACCCCCGCACCTCCCTAGTGCTCCATCAATGGAGCAGAAGATCAACCTCAGAAATCCATGGCAAATCGACGAAGCGAAGAAGCTGAAAAGCGAAGGTCACGAATTCGAAGAAATCGGGAGAAAATCGAAGCTTTGCGCGAGAGGCCATTGGAGGCCACACGAGGACGCTAGGCTGAAAGAGCTGGTCGCTCAATTCGGCCCCCAAAACTGGAATCTCATCGCTGAGAAACTCGAGGGTAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057786845.1
MNLQNLINSCGSTRKAPSSMQDLTFLPPHLPSAPSMEQKINLRNPWQIDEAKKLKSEGHEFEEIGRKSKLCARGHWRPHEDARLKELVAQFGPQNWNLIAEKLEGRSGKSCRLRWFNQLDPRINRRAFSEEEEERLLAAHTMYGNKWAMIARLFPGRTDNAVKNHWHVIMARKHREHNSVYRRRKPSFPNLQIPNACSDQSTVDESAASTCTDLSLTPSSAKHPHFLTRFSPVHHMLNLQNGVNQICANVDHQSDSNSEV...
XP_057786854.1
MQDLTFLPPHLPSAPSMEQKINLRNPWQIDEAKKLKSEGHEFEEIGRKSKLCARGHWRPHEDARLKELVAQFGPQNWNLIAEKLEGRSGKSCRLRWFNQLDPRINRRAFSEEEEERLLAAHTMYGNKWAMIARLFPGRTDNAVKNHWHVIMARKHREHNSVYRRRKPSFPNLQIPNACSDQSTVDESAASTCTDLSLTPSSAKHPHFLTRFSPVHHMLNLQNGVNQICANVDHQSDSNSEVSASESVANNRANLYGCGED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器