Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004563`

染色体: Chr01 坐标: 63708057-63709668 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004563`
名称	SmilChr01G004563
描述	WUSCHEL-related homeobox 11-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	63708057 - 63709668 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131004236`
GeneID	`131004236`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131004236`
原始查询	`SmilChr01G004563`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	WUSCHEL-related homeobox 11-like
产物	WUSCHEL-related homeobox 11-like
Arabidopsis	`AT5G17810` (WOX12) WUSCHEL related homeobox 12 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831649] identity=48.6; qcov=1.06; evalue=1.97e-58; confidence=high
Rice	`Os08g0242400` (OsWOX10) - identity=46.1; qcov=1.06; evalue=3.64e-49; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0048830 (adventitious root development)
KEGG	-
Pfam	PF00046 (Homeodomain)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131004236

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057786866.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057786866.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057786866.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057786866.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057786866.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:63708901`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:63708911`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:63709201`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,A4,C48
`Chr1:63709317`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B1
`Chr1:63709317`	`GGC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B1
`Chr1:63709371`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C37
`Chr1:63709454`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C65
`Chr1:63709454`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C65
`Chr1:63709507`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:63709539`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B18,B37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057786866.1

239 aa

120

239

Homeodomain

PF00046 Homeodomain 24-84 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057786866.1`	Pfam	`PF00046`	Homeodomain	Domain	24	84	1.3e-10	41.7	Homeodomain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057930883.1
GTAGACTAGTGACTAATCCATACTCCGTTCCCCCTCGGATTAATATTTTTTTAATTAATTTTTATCCATTGATTAAAACTCCGAGCTAGTATTAACGCGAGGATGGAAGATCACGAAGCAGAAACCGGGCCGCGCGGCTCGGGCGACGGCGATCAGCGAGCCGAGCCTGTGCGGTCGAGGTGGACGCCGAAGCCGGAGCAGATTCTGATCCTGGAGTCCATCTTCAACAGCGGGATGGTGAACCCGCCCAAGGACGAAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131004236
ATGGAAGATCACGAAGCAGAAACCGGGCCGCGCGGCTCGGGCGACGGCGATCAGCGAGCCGAGCCTGTGCGGTCGAGGTGGACGCCGAAGCCGGAGCAGATTCTGATCCTGGAGTCCATCTTCAACAGCGGGATGGTGAACCCGCCCAAGGACGAAACCGTCCGAATCCGGAAGCTGCTCGAGAAGTTCGGCTCCGTCGGCGACGCCAACGTCTTCTACTGGTTCCAGAACCGACGCTCGCGCTCGCGCCGCCGCCAGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057786866.1
MEDHEAETGPRGSGDGDQRAEPVRSRWTPKPEQILILESIFNSGMVNPPKDETVRIRKLLEKFGSVGDANVFYWFQNRRSRSRRRQRQIQASLGAAGDVQPQPRAIHNGNSIAGAYYNPAALCSYPISNGPGSSSSIGLDSANAGGMFSFPGQQGGLQELQHGSGFGLQDSPNLHYQSGVITVFINGVATEVGRGPVDMKAMFGEDYLLIHSSGVAVEANEHGFLLQHGESYFLVPRHS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器