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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004568

染色体: Chr01 坐标: 63735680-63738359 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004568
名称SmilChr01G004568
描述uncharacterized SmilChr01G004568
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向63735680 - 63738359 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131004277
GeneID131004277
locus_tag-
NCBI NameLOC131004277
原始查询SmilChr01G004568

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0656201; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os03g0656201; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT5G17840 (AT5G17840)
DnaJ/Hsp40 cysteine-rich domain superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831652]
identity=69.1; qcov=0.696; evalue=2.37e-40; confidence=medium
RiceOs03g0656201
-
identity=76.8; qcov=0.601; evalue=3.29e-47; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131004277

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057786912.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057786912.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057786912.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057786912.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057786912.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:63737048 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:63737142 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 78 A1,A10,A14,A2,A23,A3,A6,B104,B108,B114,B119,B120,B125,B129,B136,B137,B15,B18,B2,B22,B30,B34,B37,B40,B42,B45,B46,B56,B59,B6,B61,B62,B64,B65,B67,B68,B70,B71,B73,B77,B78,B83,B84,B85,B89,B9,B94,B95,B97,B98,C14,C18,C20,C22,C29,C31,C4,C40,C42,C44,C52,C57,C59,C61,C63,C68,C7,C72,C73,C74,C75,C79,C81,C84,C87,D5,D6,D9
Chr1:63737206 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,B129

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057930929.1
AAAATCGCGTTTACGCTGCTTAGTTAGTTCCAGTACGGTTCATACGGTAACAAATTGTAGTGTTCAAACAAGAGAGGAGCTGAAGACACTGTGGATCGTTATTCGTTAATATCGAGTAAAGGAAGAAGAGGAAACTATCGAAGTCATCGAACAACAGCTGATAGCTGATCAACAGCTCAAATTGAGAGAAAGAAGCTACAAAGATAACATATATACATACAATCTTTATATAAAACACGAATAGTATTCATTCGCTTTCA...
XM_057930936.1
GGATATGGGCCTATGTTCTCAAAACATAAAACCTAGACTACCTAGTCCCAGCTCTAAAATTATCCATCTAATCCAAATCCAACCATATATATTTGATCACTACGAAATGAAGGTTCAATCTAAAATCGCGTTTACGCTGCTTAGTTAGTTCCAGTACGGTTCATACGGTAACAAATTGTAGTGTTCAAACAAGAGAGGAGCTGAAGACACTGTGGATCGTTATTCGTTAATATCGAGTAAAGGAAGAAGAGGAAACTATC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131004277
ATGGACTGTGCTCTGAGAATTGCACCTTCTTCGCCCAAGATTCCCCTTTTCCATCATCGTTTGCACAATAATTCGACGGTTCTTCACACGATAGGTTATGGAATTAACCGCAACGACGCCGTCTTGCTCACTTCTTCATCGTTTGGTTCTCCCGCTAGGGTTGTTCGCTGCGCTGCTGGGGATGTGAGGCGAATAAGTAGTCTTGAATCTCTTTTCTGTTATGATAAACCTATTCCTGAGGAAATAATTGAGAAACCTGT...
LOC131004277
ATGGACTGTGCTCTGAGAATTGCACCTTCTTCGCCCAAGATTCCCCTTTTCCATCATCGTTTGCACAATAATTCGACGGTTCTTCACACGATAGGTTATGGAATTAACCGCAACGACGCCGTCTTGCTCACTTCTTCATCGTTTGGTTCTCCCGCTAGGGTTGTTCGCTGCGCTGCTGGGGATGTGAGGCGAATAAGTAGTCTTGAATCTCTTTTCTGTTATGATAAACCTATTCCTGAGGAAATAATTGAGAAACCTGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057786912.1
MDCALRIAPSSPKIPLFHHRLHNNSTVLHTIGYGINRNDAVLLTSSSFGSPARVVRCAAGDVRRISSLESLFCYDKPIPEEIIEKPVGLALTEKNVGVNPRCSSCLAKGAILCATCSGSGLYVDSILESQGIIVKVRCLGCGGTGNTMCSECGGRGHL
XP_057786919.1
MDCALRIAPSSPKIPLFHHRLHNNSTVLHTIGYGINRNDAVLLTSSSFGSPARVVRCAAGDVRRISSLESLFCYDKPIPEEIIEKPVGLALTEKNVGVNPRCSSCLAKGAILCATCSGSGLYVDSILESQGIIVKVRCLGCGGTGNTMCSECGGRGHL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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