当前解析结果
SmilChr01G004588| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004588 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004588 |
| 描述 | homeobox-leucine zipper protein HAT22-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 63894616 - 63896008 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131004620 |
|---|---|
| GeneID | 131004620 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131004620 |
| 原始查询 | SmilChr01G004588 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | homeobox-leucine zipper protein HAT22-like |
| 产物 | homeobox-leucine zipper protein HAT22-like |
| Arabidopsis | AT5G06710 (HAT14)homeobox leucine zipper protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830560] identity=49.4; qcov=0.761; evalue=1.32e-39; confidence=medium |
| Rice | Os04g0548700 (Oshox17)- identity=67; qcov=0.459; evalue=1.49e-39; confidence=medium |
| GO | GO:0000981 (DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00046 (Homeodomain); PF02183 (HALZ) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131004620 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057787302.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057787302.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057787302.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057787302.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057787302.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:63894911 |
CTG |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B118 |
Chr1:63894911 |
CTG |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr1:63894917 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,B109,B13,B30,C58 |
Chr1:63894936 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,B29,B98,C12,C30 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057787302.1PF00046
Homeodomain 80-134 aa
PF02183
HALZ 136-170 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057787302.1 |
Pfam | PF00046 |
Homeodomain | Domain | 80 | 134 | 2.3e-16 | 60.0 | Homeodomain |
XP_057787302.1 |
Pfam | PF02183 |
HALZ | Coiled-coil | 136 | 170 | 1.5e-08 | 35.4 | Homeobox associated leucine zipper |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。