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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004592

染色体: Chr01 坐标: 63921435-63922453 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004592
名称SmilChr01G004592
描述uncharacterized SmilChr01G004592
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向63921435 - 63922453 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131004749
GeneID131004749
locus_tag-
NCBI NameLOC131004749
原始查询SmilChr01G004592

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF27922 (CLE_plant)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131004749

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057787485.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787485.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787485.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057787485.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057787485.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:63921912 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 30 A15,A16,A21,A5,B109,B113,B121,B126,B127,B130,B136,B138,B18,B30,B33,B45,B6,B62,B72,B79,B80,C17,C20,C25,C30,C35,C56,C75,C78,D4
Chr1:63922083 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,C38,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787485.1
136 aa
N
1
68
136
CLE_plant
C
PF27922 CLE_plant 64-135 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787485.1 Pfam PF27922 CLE_plant Family 64 135 2.5e-09 39.2 CLAVATA3/ESR (CLE)-related protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931502.1
GTACTTAAAATAGCAAAAATTCAAATAAAAAGGCTTTATCTGTCATAAATTCTGAATTCCCTCAACGTCGGGTGTCCGCGCGCTCTTGCACACACACGCAGGTACACATATGTGTGTGTGTGTATATCAGTATATATATATATAATGGAAAGGGAATGGCGAAGAAAAGAGGTGCAGAAGAGGAGGTAGCAATATTAATTCTGGAATATTTGTTTCCCCATAATCTGATTCTCATTCTCAGGTGGGAGAAATGCGTTTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131004749
ATGTTGATGCATCAGAAATCTCCACTGTCTACAATAAATGCCTTAAAACCTGCAAATACTTGTTTCCTTTTGCTCAAAACCCCCACCCCCACTAAATACCTTGGTCACTTTCAAACATGTTATAATCCATATTTGTTATACTCTCCCGGAAATTTCATTTTCACCTCCCTTTTTACAATGAGGCTTCCTCTCCTTCTGCTGCTGCTTCTCATTCTCATCGCCACCTCCTCAGCCTCAACACCTCTGCCTGCTCACTTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787485.1
MLMHQKSPLSTINALKPANTCFLLLKTPTPTKYLGHFQTCYNPYLLYSPGNFIFTSLFTMRLPLLLLLLLILIATSSASTPLPAHFNLPPWNDPESSTHRRTSIRLHFSRYSSAKNIAYDDDKRLVPTGANPLHNR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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