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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004600

染色体: Chr01 坐标: 63989068-63990373 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004600
名称SmilChr01G004600
描述uncharacterized SmilChr01G004600
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向63989068 - 63990373 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131004685
GeneID131004685
locus_tag-
NCBI NameLOC131004685
原始查询SmilChr01G004600

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835840]; symbol=AT5G57345; hit=AT5G57345; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835840]; symbol=AT5G57345; hit=AT5G57345; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G57345 (AT5G57345)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835840]
identity=59.3; qcov=1.01; evalue=2.65e-49; confidence=medium
RiceOs06g0694800
-
identity=63.6; qcov=0.807; evalue=4.33e-42; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131004685

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057787382.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057787382.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 1.00000 XP_057787382.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057787382.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787382.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:63989259 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:63989385 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:63989430 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 65 A1,A14,A20,A6,B11,B112,B113,B115,B120,B121,B122,B123,B133,B137,B138,B139,B14,B19,B2,B21,B23,B26,B28,B30,B53,B55,B58,B64,B65,B68,B69,B70,B71,B74,B77,B81,B85,B98,C12,C13,C14,C16,C17,C18,C19,C21,C24,C26,C29,C32,C37,C4,C40,C42,C60,C61,C63,C65,C67,C68,C7,C70,C71,D10,D4
Chr1:63989433 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 65 A1,A14,A20,A6,B11,B112,B113,B115,B120,B121,B122,B123,B133,B137,B138,B139,B14,B19,B2,B21,B23,B26,B28,B30,B53,B55,B58,B64,B65,B68,B69,B70,B71,B74,B77,B81,B85,B98,C12,C13,C14,C16,C17,C18,C19,C21,C24,C26,C29,C32,C37,C4,C40,C42,C60,C61,C63,C65,C67,C68,C7,C70,C71,D10,D4
Chr1:63989883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931399.1
GAATAATTGGTGTGCTTACCATCGTAAAAAATAAAAATAAAAAGAATCAATTTATTTGGCCTTGGTATAGAGTATTCTTGAATTTATTTCCTGAAATTGTGAATCCACGTGTCAGCATCCATGATCATGAGTTAGCAAGTCCTCACATTGAAGAGCCCAAAAATATCAAGAAATCCTGAGAGTCGACCAGAAAAGAAAATAGTGGTTAACAAAAATGTCAGTTGCTTTAATCGACACCAGCTTCGTCTCCAACCCTTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131004685
ATGTCAGTTGCTTTAATCGACACCAGCTTCGTCTCCAACCCTTTGACACTCTCGTTCAGACACAGAAGCATCCCAGCTGGCGCAAAACGCGTTTCCATATCCTGCCGGCACGCCCCAGAAGGAGACCGCAGCAATGATTCCACAAGGAAAAGTGAGAATCAGCTGGCGAAGCTGGCTTTGGCTGCGATGGCGGTTGGGGTAATCACACTGGGATCTGTTGATCCGGCCGCCGCCGCCAAGACTGGCGGCAGGGTTGGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787382.1
MSVALIDTSFVSNPLTLSFRHRSIPAGAKRVSISCRHAPEGDRSNDSTRKSENQLAKLALAAMAVGVITLGSVDPAAAAKTGGRVGGQAFRPSAPRASAPRPNNNSRTNIYINPPVAPPLVGGYGYGFGVPYYGGWGWSPFSFFAPAPGVAVGVGGGFDLFLLFILLGAVSAFVRRFFRPRQDDDQY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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