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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004626

染色体: Chr01 坐标: 64304875-64316236 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004626
名称SmilChr01G004626
描述CASP-like protein 2C1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向64304875 - 64316236 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131004857
GeneID131004857
locus_tag-
NCBI NameLOC131004857
原始查询SmilChr01G004626

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述CASP-like protein 2C1
产物CASP-like protein 2C1
ArabidopsisAT4G25830 (AT4G25830)
Uncharacterized protein family (UPF0497) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828688]
identity=49.1; qcov=0.967; evalue=2.58e-48; confidence=medium
RiceOs02g0177700
-
identity=36.7; qcov=0.978; evalue=1.59e-29; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04535 (CASP_dom)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131004857

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057787589.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057787589.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057787589.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057787589.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057787589.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:64315444 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C60
Chr1:64315444 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057787589.1
181 aa
N
1
90
181
CASP_dom
C
PF04535 CASP_dom 7-154 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057787589.1 Pfam PF04535 CASP_dom Domain 7 154 1.3e-26 93.9 Casparian strip membrane protein domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057931606.1
GTGCTATTAAATTTATTTGATTGGGTTTCGAAAACTTTTGAATTTCTTTAATCGGATTTTTGTAAGTTCATTGTAATACTATAGGATGATAAACCCTATTCACAAATTAACGAAAAGACTAGTTTCTATAAAACGAAATTACATGGACTCAATATTAATAAAACAGGGATGTGAAACTTAATCTCAATATTATTATTAATGCAAAATACTAAAAATGTTTAATTTCTTACCATTAACTTCATTGTTTAACGTAGACATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131004857
ATGAATAGCTTTAAAAGAGAAACTTGGTTGAGAATTATGAGTATGTTTCTCTTGGCACTAACTGCCTGTCTCGTCGGTTTCGACTCCCAAACCAAAGTTATCTTCTACACATACAAAAAGACTGCCACATTCCACGTTTTGGATGTTTTGTATGTTTTGGTGTGGATAGATGTTGCTGCTGCTGCTTATAATCTGCTTCAGCTTATTACAAGCTATAAGTTTCAAAGTTACTTCACAAAGGATCTAACAGCTTCTTACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057787589.1
MNSFKRETWLRIMSMFLLALTACLVGFDSQTKVIFYTYKKTATFHVLDVLYVLVWIDVAAAAYNLLQLITSYKFQSYFTKDLTASYRYVAWGIFLLDQAAAYAVFGVTAAAVQGSTLAITGEKSFQWMKLCNRFTRFCIQIGGALICGYIAAVLMVITASISAYSLFRIYSPKRFLMLKPK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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