当前解析结果
SmilChr01G004637| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004637 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004637 |
| 描述 | protein DETOXIFICATION 16-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 64397448 - 64399832 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131004956 |
|---|---|
| GeneID | 131004956 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131004956 |
| 原始查询 | SmilChr01G004637 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein DETOXIFICATION 16-like |
| 产物 | protein DETOXIFICATION 16-like |
| Arabidopsis | AT5G52450 (AT5G52450)MATE efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835321] identity=57.1; qcov=0.932; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0494400- identity=57.6; qcov=0.924; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0015297 (antiporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0042910 (xenobiotic transmembrane transporter activity); GO:1990961 (xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01554 (MatE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131004956 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057787715.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057787715.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.40000 | XP_057787715.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057787715.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057787715.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:64398331 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B122,B126,B130,C50 |
Chr1:64398466 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,C50 |
Chr1:64398467 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C72 |
Chr1:64398467 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr1:64398500 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,C50 |
Chr1:64399666 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A21,B120,B74 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057787715.1PF01554
MatE 45-205 aa
PF01554
MatE 266-428 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057787715.1 |
Pfam | PF01554 |
MatE | Family | 45 | 205 | 5.1e-69 | 231.8 | MatE |
XP_057787715.1 |
Pfam | PF01554 |
MatE | Family | 266 | 428 | 5.1e-69 | 231.8 | MatE |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。